گروه بندی ژنتیکی برخی از سویه های ریزوبیومی بومی خاکهای ایران با استفاده از تکنیک های 16s-23s igs pcr-rflp و پروفیل پلاسمیدی

دربین پروکاریوتها مجموعه‎ایی از باکتریهای خاکزی که اصطلاحاً ریزوبیا نامیده می شوند به لحاظ توانایی‎درایجاد سیستم‎همزیستی تثبیت کننده نیتروژن مولکولی با گیاهان خانواده لگوم حائز اهمیت فراوانی می باشند. توالی بین دو قطعه 16s و 23s از مجموعه ژن های rdna که اصطلاحاً 16s23s igs نامیده می‎شود از نظر اندازه وترتیب نوکلوتیدها بسیار متفاوت بوده و ابزار مفیدی برای گروه بندی سویه های ریزوبیومی می باشد. دراین مطالعه تعداد 52 سویه برتر ریزوبیومی که بعنوان عوامل محرک رشد گیاه (pgpr) شناخته شده‎اند، به طریق 16s23s igs pcrrflp و پروفیل‎ پلاسمیدی‎( روش اکهارت) وبا استفاده ازنرم‎افزار phylip version 3.6a3 گروه‎بندی شده‎اند. نتایج حاصله نشان می دهد که igs سویه های ریزوبیومی مورد مطالعه از نظر اندازه بسیار متنوع (bp 1486600) می باشند بعلاوه تعداد نسخه های igs سویه های مختلف نیز یکسان نبوده واز یک تا سه نسخه متفاوت می باشد.  براساس روش 16s23s igs pcrrflp مجموع 52 سویه ریزوبیومی در 46 گروه مختلف قرار گرفته که افراد 11 گروه دارای 70% تشابه بین سویه‎ای می باشند. با استفاده از این روش بجز 12 سویه‎ی‎ 54bj و bj 53 و همچنین سویه‎های  28rlv و 27rlv ، سویه‎های 24rlv و 23rvl ، سویه‎های  17rlp و 16rlp همینطور سویه‎های 13sm و 12sm و 11sm و 10sm، مابقی‎سویه ها (77%) را کاملاً از یکدیگر تفکیک کرده است. بنابراین روش مذکور بدلیل ساد‎گی و نیازهای اندک آزمایشگاهی (نسبت به سایر روش‎های مولکولی) براحتی قابل انجام بوده و از کارآمدی و اطمینان بالایی نیز برخوردار است. گروه بندی مبتنی بر پروفیل پلاسمیدی سویه های مختلف ریزوبیومی مورد استفاده دراین تحقیق تا حدودی با نتایج حاصل از روش igs pcrrflp هماهنگی دارد، به طور مثال سویه های 54bj و 53bj ، سویه های 24rlv و 23rlv ،  همچنین سویه های 17rlp و 16rlp و سویه های 13sm و 12sm و 11sm درهردو روش بصورت کاملاً مشابه درکنار یکدیگرو درون گروههای کلاستری جداگانه ای قرار گرفته اند.

genetic grouping of certain rhizobial strains native to iranian soils by 16s-23s igs pcr-rflp and plasmid profile techniques

among prokaryotes, there are some soil bacteria called rhizobia that are very important owing to their n2 fixation ability in legumes. the sequence between two 16s and 23s fragments of rdna genes complex is called 16s23s rdna igs. it differs by size and nucleotide order, therefore, it is very useful for grouping of rhizobial strains. in this research 16s23s igs pcrrflp and plasmid profile (modified eckhardt method) grouped 52 superior strains which were found as plant growth promoting rhizobacteria (pgpr). for cluster analysis, phylip version 3.6a3 software was used. the results show that the16s23s igs fragments of different rhizobial strains are very diversified in terms of size (6001486 bp), and the number of igs fragment differs from 1 to 3 copies. based on 16s23s igs pcrrflp method, all 52 rhizobial strains were located in 46 groups, of which 11 groups had 70% similarity. by this method all strains (77%) except 12 strains (bj53, bj54; rlv27, rlv28; rlv23, rlv24; rlp16, rlp17; sm10, sm11, sm12, and sm13) were separated into different groups. therefore, the mentioned method is very reliable and practical, besides being simple and having few laboratory requirements (in comparison with other molecular methods). in this research, the grouping based on plasmid profile of different rhizobial strains agrees with the results of igsrflp to some extent, for example: bj53, bj54; rlv23, rlv24 also rlp16, rlp17 and sm11, sm12, sm13 in both methods were completely similar and were located in separate cluster groups.