اثرات تنطیمی سیس و ترانس lncrna در بیان افتراقی ژن‌ها طی آلودگی ویروس سپتی سمی خونریزی‌دهنده (viral hemorrhagic septicemia) در ماهی قزل‌آلای رنگین‌‌کمان (oncorhyncus mykiss)

در این مطالعه با استفاده از فناوری rna-seq اثر تنظیمی سیس و ترانس ژن‌‌های غیر کد شونده بلند (lncrna) در بیان ژن‌‌ها در ماهیان آلوده به ویروس سپتی سمی هموراژیک خونریزی‌دهنده (vhs) مورد بررسی قرار گرفت. در پایان دوره آزمایشی (روز سی و پنجم)، rna کل از بافت طحال (گروه تیمار شده با ویروس) و سرم فیزیولوژی (گروه شاهد) و  برای آماده‌سازی کتابخانه برای mrna-seq، مورد استفاده قرار گرفت. نتایج آنالیز rna-seq، نشان داد که تعداد 63 ژن lncrna دارای بیان افتراقی بوده است که با 92 ژن کد شونده به صوت سیس در محدوده 20 هزار باز بالا دست و پایین دست ژن‌‌های مورد نظر ارتباط داشتند. از میان جفت ژن‌‌های کد شونده و lncrna، آنهایی که همبستگی بیانی بیشتر از مثبت 90 درصد و کمتر از منفی 90 درصد داشتند به‌ترتیب به عنوان جفت ژن‌‌‌‌های با بیان هم‌راستا و غیر هم راستا مورد ارزیابی قرار گرفتند. ژن‌‌های کد شونده interlukin10،bhlhe41، rbp47، gastrotropin، synaptopodin، ox2 و smc2 با 8 و 13 ژن lncrna به‌‌ترتیب دارای ارتباط سیس و ترانس بودند. ژن‌های interlukin10، gastrotropin، synaptopodin، ox2، smc2 و دو ژن rbp47 و bhlhe41 به‌‌ترتیب در گروه تیمار ویروسی و گروه شاهد بیان بالاتری نشان دادند. تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن‌‌ها نشان‌‌دهنده فعالیت ژن‌‌های سایتوکینی از جمله ژن اینترلوکین 10 بود که در پاسخ‌های التهابی در سیستم ایمنی نقش مهمی دارد.

regulatory effects of cis- and trans-lncrnas on differential expression of genes following infection with viral hemorrhagic septicemia virus in rainbow trout (oncorhynchus mykiss)

in this study the cis and trans regulatory effect of long non-coding genes (lncrna) on the expression of genes in fish infected by viral hemorrhagic septicemia virus (vhs) was investigated using rna-seq technology. at the end of experimental period (the thirty fifth day), total rna was extracted from spleen tissue (group treated with virus) and physiological serum (control group) was used to prepare the library for rna-seq. after library preparation, sequencing was carried out by illumina high seq 2500 platform. the results of rna-seq analysis showed that 63 lncrna genes had differential expression that were associated with 92 cis coding genes in the range of 20k up and downstream sites of the target genes. among the pairs of coding and non-coding genes, those with both more than 90% and less than 90% expression correlations were considered as positive and negative co-expression genes, respectively. the coding genes such as interlukin10, bhlhe41, rbp47, gastrotropin, synaptopodin, ox2, and smc2 were associated with cis and trans with 8 and 13 lncrna genes, respectively. interlukin10, gastrotropin, synaptopodin, ox2, and smc2 genes had higher expression in the virus-treated group. the two genes rbp47 and bhlhe41 were more expressed in the control group. gene ontology analysis showed the activity of cytokine genes, including interleukin 10 gene, which plays an important role in inflammatory responses in the immune system.