تجزیه و تحلیل ساختار کامل ناحیه دی لوپ میتوکندریایی به همراه موتیف‌های تنظیمی در 4 گونه ماهیان خاویاری دریای خزر

در این پژوهش قطعه کامل دی لوپ به همراه موتیف های تنظیمی آن در چهار گونه از ماهیان خاویاری دریای خزراز جنس acipenser (چالباش a.gueldenstadtii، قره برون a.persicus، شیپ a.nudiventris، اوزون برون a.stellatus) مورد بررسی قرار گرفت. استخراج dnaبا استفاده از روش استات آمونیوم و واکنش pcr توسط یک جفت آغازگر اختصاصی جهت تکثیر ناحیه کامل دی لوپ انجام گرفت. توالی یابی با استفاده از روش سنگر انجام شد. توالی تکراری مینی ستلایت در ناحیه بالادست دی لوپ و بعد از توالی کدکننده تی آر ان آ پرولین در همه گونه ها به جز شیپ مشاهده شد. نتایج نشان داد که واحدهای تکراری مرکزی 8382 جفت بازی با 2/3 تکرار در چالباش و قره برون و 4/2 تکرار در اوزون برون سبب تنوع طول در این ناحیه شده است. علاوه بر این، توالی تکراری مرکزی، دو توالی تکراری دیگر با اندازه 39 و 43 جفت باز نیز در این بخش مشاهده شد که این توالی ها نیز با 2/3 تکرار در این ناحیه وجود داشتند. طول ناحیه کنترلی در گونه های چالباش، قره برون، اوزون برون و شیپ به ترتیب برابر با 921، 870، 826 و 839 جفت باز بود. بررسی ساختار کلی ناحیه دی لوپ نشان داد که ناحیه کنترلی ماهیان خاویاری شامل همولوگ هایی از بلوک های توالی محافظت شده csb می باشد که واحد های تکراری مینی ستلایت در بالادست این بلوک ها واقع شده اند. حضور توالی های تکراری مینی ستلایت در ناحیه کنترلی دی لوپ اهمیت این نشانگرها را در برنامه های حفظ منابع ژنتیکی و غربالگری ماهیان خاویاری نشان می دهد.

Analysis of complete structure of mitochondrial D-loop region with regulating motifs in four sturgeon species of the Caspian Sea

In this study, analysis of complete structure of mitochondrial Dloop region with its regulatory motifs was investigated in four species of the Acipenser of Caspian sea (A. gueldenstadtii, A. persicus, A. stellatus, A. nudiventris). DNA extraction was done by acetate Ammonium method and PCR reaction were performed by a pair of specific primers for the complete amplification of Dloop along with sequences associated with tRNAthreonine and proline. Sequencing on amplified fragments were was done on both strands. Repetitive sequence of tandem repeat (minisatellite) was observed in the upstream site of Dloop region after the sequence of tRNA proline in all species except the Ship. The results showed that the central repetitive units of 8382 pairs with 3.2 repetitions in A. persicus and A. gueldenstaedtii and 2.4 repetitions in A. stellatus were the reason for the length variation in this region. In addition to the central repeat sequences, there were two more repetitive sequences of 39 and 43 bp in this section, which were also present with 3.2 repetitions. But none of these repetitive sequences was observed in ship. The length of the control region in the A. gueldenstadtii, A. persicus, A. stellatus, A. nudiventris was 921, 870, 826 and 839 bp, respectively. The overall structure of the Dloop region showed that the sturgeon control region is similar to that of other fish, including the homologues of the CSB conserved blocks, which are located on the upstream of these blocks. According to the presence of tandem repeat (minisatellite) in control Dloop region and also the importance of these markers in conservation programs for genetic resources it may be possible to use them in screening of sturgeon species.