دقت روش rep-pcr در ژنوتایپینگ ایزوله‌های انتروکوکوس فاسیوم جدا شده از گوشت قرمز به عنوان عامل عفونت‌های ناشی از غذا

زمینه و هدف: افزایش مصرف غذا در خارج از منزل در جوامع مختلف خطر انتقال میکروارگانیسم های بیماری زا منتقله از غذا را به عنوان یک مشکل بهداشت جهانی مطرح کرده است. روش های تایپینگ ملکولی نظیر rep-pcr الگو های dna برای تمایز و شناسایی سویه های بیماری زا را فراهم می نمایند. هدف از این مطالعه بررسی دقت روش انگشت‌نگاری ملکولی مبتنی بر توالی های تکرار شونده (rep-pcr)، در تعیین قرابت بین ایزوله های مختلف انتروکوکوس فاسیوم جدا شده از گوشت گوساله به عنوان عامل عفونت‌های ناشی از غذا بود. روش بررسی: این یک مطالعه توصیفی تحلیلی است که به صورت مقطعی در سال 1397انجام شد. 80 نمونه گوشت با روش های بیوشمیایی و ملکولی از نظر وجود انتروکوکوس فاسیوم مورد بررسی قرار گرفتند و الگوی ملکولی قطعات dna براساس حضور یا غیاب باندها و اندازه آنها در ژل الکتروفورزیس مشخص شد. داده‌های جمع‌آوری شده با استفاده از آزمون‌های ضریب همبستگی کوفنتیک تجزیه و تحلیل شدند. یافته ها: از میان 80 نمونه گوشت گوساله مورد مطالعه، 66 نمونه(82.5 درصد) آلوده به انتروکوک شناسایی شد که تعداد30 نمونه(45.45 درصد) آلوده به انتروکوکوس فاسیوم بود. بر اساس دسته‌بندی ژنتیکی به روش rep-pcr، 30 ایزوله انتروکوکوس فاسیوم در 18 پروفایل قرار گرفتند. قرار گرفتن ایزوله ها مورد مطالعه در چند زیر گروه نشانگر قدرت تمایز قابل قبول تکنیک rep-pcr در ژنوتایپینگ انتروکوکوس فاسیوم می باشد. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که روش rep-pcr، روشی ساده، سریع و با قدرت تفرق بالایی جهت توصیف تنوع ژنتیکی سویه‌های انتروکوکوس فاسیوم می باشد.

Accuracy of REP-PCR Method in Genotyping of Enterococcus faecium Isolated From Red Meat as a Cause of Foodborne Infections

Background aim: Increasing food consumption outdoors in different societies has raised the risk of transmission of foodborne pathogens as a global health problem. Molecular typing methods such as REPPCR produced DNA profiles for differentiation and characterization of pathogenic strains. The aim of the present study was to evaluate the accuracy of molecular fingerprinting method based on repeated sequences (repPCR) to determine the affinities between different of Enterococcus faecium isolated from beef meat as a cause of foodborne infections. Methods: The present crosssectional descriptiveanalytical study was conducted in 2018 on 80 meat samples examined by biochemical and molecular methods for the presence of Enterococcus faecium. The molecular pattern of DNA fragments was determined based on the presence or absence of bands and their size in gel electrophoresis. The collected data were analyzed using NTSYS software version 2.02e and Cofenet correlation coefficient. Results: Of the total 80 samples, 66 (82.5%) were identified as Enterococcus, while 30 (45.45%) were Enterococcus faecium. Based on Genetic Classification by Rep-PCR, 30 isolates of Enterococcus faecium were included in 18 profiles. Placement of the studied isolates in several subgroups showed the acceptable discrimination power of Rep-PCR technique in genotyping of Enterococcus faecium. Conclusion: The results of the present study revealed that Rep-PCR is a simple, fast, and highly dispersive method to describe the genetic diversity of Enterococcus faecium strains.and method with high dispersal ability to characterize the genetic diversity of Enterococcus faecium strains.