بررسی داکینگ مولکولی آنزیم پروتیاز ویروس hiv-1 با ترکیبات تری ترپنوییدی با منشا گیاهی و قارچی

زمینه و هدف: به دلیل توان بالای عفونت‏زایی و مقاومت‏های دارویی گزارش شده در ویروس hiv-1 طی سال‏های اخیر، پژوهش‏های زیادی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ویروس hiv-1 انجام شده است. نتایج بررسی‏های متعدد نشان داده است که داروها و ترکیبات مهارکننده پروتیاز که سهم عمده‏ای از آنها را مشتقات گیاهی به ویژه ترپنوییدها تشکیل می‏دهند، در کنترل عفونت ناشی از ویروس hiv-1 بسیار موثر می‏باشند. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار آنزیم پروتیاز hiv-1 به وسیله‏ی داروهای استاندارد و ترکیبات تری ترپنوییدی با منشا گیاهی و قارچی می‏باشد.مواد و روش‏ها: این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، ساختار مربوط به داروها، ترکیبات تری ترپنی و آنزیم پروتیاز hiv-1 به ترتیب از پایگاه داده‏هایchem spider، pubchem، hmdb و pdbدریافت شد. سپس داکینگ مولکولی به وسیله نرم افزار igemdok2.1 انجام گرفت. یافته‏ها: نتایج نشان داد که محل برهم‏کنش ترکیبات تری ترپنی همانند داروهای استاندارد، سه ناحیه حفاظت شده و کاتالیتیکی دومین مرکزی، فلاپ و دومین انتهای کربوکسیل خصوصا اسید آمینه‏های asp25-gly27-ala28-asp29-asp30 واقع در جایگاه فعال پروتیاز hiv-1 می‏باشد. هم‏چنین بررسی برهم‏کنش‏های این نواحی نشان داد که استحکام میان‏کنش‏های ایجاد شده در این مناطق ارتباط مستقیمی با مقادیر ic50 این ترکیبات دارد.نتیجه‏گیری: در پایان با توجه به اثر بخشی بالا و عمل اختصاصی تری ترپنوییدها می‏توان نتیجه گرفت که این ترکیبات می‏توانند به عنوان داروهای موثرضد پروتیاز hiv-1 مطرح شوند.