مرور سیستماتیک‌ تغییرات ژنتیکی چالش‌برانگیز واریانت‌های کروناویروس سندروم حاد تنفسی 2؛ فرار از سیستم ایمنی و اثربخشی واکسن

زمینه و هدف تاکنون تحقیقات گسترده‌ای درباره ویروس کروناویروس سندروم حاد تنفسی 2 و بیماری ناشی از آن در مناطق مختلف جهان انجام شده است. هدف از انجام این مطالعات، ارائه‌ یافته‌ها و پیشنهادهای کاربردی درباره آشنایی بیشتر با ویژگی‌های این ویروس، از‌جمله خصوصیات ساختاری و ژنتیکی، منشا پیدایش، ‌تکامل، تغییرات ژنومی، چرخه‌ بیولوژیک و عملکرد پاتولوژیکی است که می‌توان آن‌ها را در اتخاذ راهبردهای کارآمد در کنترل و درمان همه‌گیری به کار گرفت. مواد و روش ها به منظور انجام آنالیزهای ژنومی، توالی کامل کرونا ‌ویروس‌های مورد نظر با شماره‌های دسترسی برگرفته از بانک ژن یا ابتکار جهانی برای به‌اشتراک‌گذاری همه‌ داده‌های آنفلوآنزا‌، از داده پایگاه‌هایی مانند مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری و مرکز منابع بیوانفورماتیک باکتریایی و ویروسی ذخیره و سپس هم‌ردیفی توالی‌ها با نرم‌افزار workbench clc main انجام شد. در مرحله بعد درخت فیلوژنتیک با روش اتصال‌همسایگی  با 1000 تکرار (bootstrap) توسط نرم‌افزار mega x ترسیم شد و برای نمایش واضح‌تر درخت از figtree نسخه 1.4.4 استفاده شد.ملاحظات اخلاقی تمام اصول اخلاقی در نوشتن این مقاله طبق دستورالعمل‌های کمیته اخلاق ملی و مقررات cope رعایت شده است.یافته ها در مطالعه‌ حاضر، جهش‌ها و نیز تاثیری که ممکن است بر قابلیت انتقال، شدت بیماری‌زایی و اثربخشی واکسن داشته باشند، ویژگی‌های مولکولی، اپیدمیولوژی و محل ظهور کرونا ‌ویروس‌ها با محوریت واریانت‌های نگران‌کننده، از‌جمله آلفا (b.1.1.7)، بتا (b.1.351)، گاما (p.1)، دلتا (b.1.617.2) و اُمیکرون (b.1.1.529) ارائه شده است.نتیجه گیری بروز جهش‌ها و تکامل مداوم موجب ظهور سریع و هم‌زمان واریانت‌های مختلف شده که هر‌کدام از این تغییرات می‌توانند بر فرار از روش‌های درمانی مانند آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده و پلاسمای نقاهتی و همچنین کاهش اثربخشی واکسن‌ها نقش داشته باشند؛ بنابراین افزایش نظارت برای مستندسازی، درک گسترش دودمان‌های مختلف و مطالعه‌ دقیق‌تر این جهش‌ها در شناسایی واریانت‌ها و مقابله‌ موثر‌ با آن‌ها از اهمیت بالایی برخوردار است.

a systematic review of genetically challenging changes of sars-cov-2 variants; escaping the immune system and vaccine effectiveness

background and aim so far, extensive research has been conducted on the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (sars-cov-2) virus and its disease in different regions of the world. the aim of these studies is to present practical findings and suggestions about more familiarity with the characteristics of this virus, including its structural and genetic characteristics, origin of genesis, evolution, genomic changes, biological cycle and pathological function, that can be used to adopt efficient strategies in controlling and treating the pandemic.methods & materials in order to perform genomic analysis, the complete sequence of the desired coronaviruses with accession numbers obtained from genbank or gisaid was stored from databases such as ncbi and bv-brc, and then the sequences were aligned with workbench clc main software. in the next step, the phylogenetic tree was drawn by neighbor-joining method with 1000 repetitions (bootstrap) by mega x software and figtree version 1.4.4 was used to display the tree more clearly. ethical considerations all ethical principles in writing this article have been observed according to the instructions of the national ethics committee and the cope regulations.results in the current study, mutations and the effect they may have on transmissibility, pathogenicity and vaccine effectiveness, molecular features, epidemiology and the place of emergence of coronaviruses, focusing on variant of concern (voc) including alpha (b.1.1.7), beta (b.1.351), gamma (p.1), delta (b.1.617.2) and omicron (b.1.1.529) are presented.conclusion the occurrence of mutations and continuous evolution have led to the rapid and simultaneous emergence of different variants, each of these changes can contribute to the escape of therapeutic methods such as neutralizing antibodies (nab) and convalescent plasma, as well as reducing the effectiveness of vaccines. therefore, increasing monitoring for documentation, understanding the spread of different lineages and more detailed study of these mutations in identifying variants and effectively dealing with them is of great importance.