طراحی سازه ایمنی‌زا بر اساس پروتئین اسپایک (s) ویروس کرونا

زمینه و هدف: کرونا ویروس انسانی یکی از اعضای خانواده کروناویریده و عامل ایجاد‌کننده عفونت‌های دستگاه تنفسی فوقانی است. با وجود شیوع چندین باره شدید اپیدمی و عدم داروی ضد‌ویروسی مناسب، اما هنوز پیشرفت زیادی در رابطه با واکسن مبتنی بر اپی‌توپ که برای hcov طراحی شود، حاصل نشده است. مواد و روش ها: روش کار در این مطالعه این‌گونه بود که به ترتیب با انتخاب توالی پروتئین اسپایک کرونا ویروس از مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی، بازیابی توالی پروتئین و تعیین اپی‌توپ‌های t،b مورد نیاز برای تولید واکسن کایمر، بررسی آنتی ژنسیته و الرژنسیته و توکسیسیتی اپی‌توپ‌های انتخابی توسط سرورهای مختلف، پیکربندی ترکیب کایمر اولیه از واکسن اپی‌توپی طراحی شد. سپس به ارزیابی واکسن کایمر از نظر ساختاری و قابلیت اتصال به سلول‌های b و ترکیبات mhci ،ii و بررسی ساختار دو‌بُعدی و جایگاه امینواسیدها و پیوندها در مدل سازه ایمنی‌زا و نیز بررسی فیزیک و شیمیایی و پایداری واکسن مدل توسط برخی سرورهای دیگر پرداخته شد. در‌نهایت، سپس برای اتصال در برابر مولکول‌های آنتی‌ژن‌های لکوسیتی انسانی، با استفاده از تکنیک‌های داکینگ ملکولی برای بررسی اثر متقابل با اپی‌توپ آزمایش شد. ملاحظات اخلاقی: تمامی اصول اخلاقی در این مقاله در نظر گرفته شده است. شرکت‌کنندگان در جریان هدف تحقیق و مراحل اجرای آن قرار گرفتند. آنها همچنین از محرمانه بودن اطلاعات خود اطمینان داشتند. اصول کنوانسیون هلسینکی نیز رعایت شد.یافته ها نتایج حاصل بیانگر آن بودند که سازه ایمنی‌زای ایجادشده از لحاظ ساختار دو‌بُعدی و سه‌بعدی و جایگاه امینواسیدها و پیوندها در مدل سازه ایمنی‌زا، سمیت و الرژن بودن و آنتی ژنسیته در شرایط مطلوبی قرار داشت و دارای پایداری (شاخص ناپایداری 33.93) و نیمه عمر مطلوب و شرایط فیزیک و شیمیایی مناسبی بود. نتیجه گیری: به‌طور کلی سازه ایمنی‌زایی که در این فرایند پژوهشی تهیه شد، توانست در فرایند داکینگ برهم‌کنش مطلوبی با برخی از اجزای سیستم ایمنی آنتی‌ژن‌های لکوسیتی انسانی داشته باشدکه این بیانگر شناسایی مطلوب این سازه توسط سیستم ایمنی هومورال و سلولی بدن و تحریک آن‌ها در جهت تولید ایمنی در بدن شخص میزبان است که البته اثبات مطمئن‌تر آن نیازمند فرایندهای فاز بالینی است.

design of immunosuppressive structure based on spike protein (s) virus corona

background and aim: the human coronavirus is a member of the coronaviridae family and causes upper respiratory tract infections. despite repeated severe epidemics and the lack of appropriate antiviral drugs, not much progress has been made on the epitope-based vaccine designed for hcov. methods & materials: the method of this study was to select the spike corona virus protein sequence from ncbi, retrieve the protein sequence and determine the t, b epitopes required to produce the chimer vaccine, evaluate the antigenicity and allergenicity and toxicity of the selected epitopes, respectively. different servers were designed to configure the primary chimer composition of the epitope vaccine. then, the chimer vaccine was evaluated in terms of structure and connectivity to b cells and mhci and ii compounds, and the two-dimensional structure and position of amino acids and bonds in the immunogenic model were studied, as well as the physicochemical and stability of the model vaccine by some other servers. finally, it was tested for binding against hla molecules using silico docking techniques to investigate the interaction with the epitope.ethical considerations: all ethical principles are considered in this article. participants were informed about the research objective and its implementation stages. they also made sure their information was confidential. the principles of the helsinki convention were also observed.results: the results showed that the immunogenic construct created in terms of two-dimensional and three-dimensional structure and the position of amino acids and bonds in the model of immunogenic structure, toxicity and allergenicity and antigenicity were in good condition. and had stability (instability index 33.93) and favorable half-life and suitable physicochemical conditions.conclusion: in general, the immunogenic structure that was prepared in this research process could have a favorable interaction with some components of the immune system (hla) in the docking process, which indicates the optimal identification of this structure by the humoral and cellular immune system and stimulation in in order to produce immunity in the body of the host, of course, more reliable proof of it requires clinical phase processes.