پیش‌بینی بیوانفورماتیک mirna‌های هدف‌گیرنده ژن‌های e6 و e7 ویروس پاپیلومای انسانی تیپ 16 و 18 در سرطان دهانه رحم

زمینه و هدف: سرطان دهانه رحم (cc) سومین بدخیمی شایع در خانم‌هاست که عمده‌ترین علت ایجاد آن، ویروس پاپیلومای انسانی (hpv) است. دو انکوژن e6 و e7 این ویروس در روند تومورزایی آن نقش مهمی ایفا می‌کنند. امروزه، روش‌های موجود برای غربالگری cc توانایی تشخیص بیماری را در مراحل اولیه ندارند؛ بنابراین، شناسایی بیومارکر‌های جدید جهت تشخیص به‌موقع این سرطان حائز اهمیت است. بدین منظور، در مطالعه حاضر، mirna‌های هدف‌گیرنده دو انکوژن e6 و e7 ویروس پاپیلومای انسانی (تیپ 16 و 18) در cc با روش‌های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفتند. مواد و روش ها: ابتدا با استفاده از پایگاه ncbi توالی ژن‌های e6 و e7 برای هر دو تیپ 16 و 18 ویروس پاپیلومای انسانی به دست آمد. سپس با استفاده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی mirbase و rna22 مناسب ترین mirna‌های هدف‌گیرنده ژن‌های مذکور انتخاب شدند.ملاحظات اخلاقی: این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم‌پزشکی اراک تصویب شد.یافته ها: با توجه به میزان p-value به‌دست‌آمده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی، mirna‌های (p-value=7/51e-2) mir-92a-5p mir-195-3p (p-value=2.24e-1) ،‌mir-34a-5p (p-value=2.73e1) و mir-155-5p (p-value=4.95e-2) برای دو ژن e6 و e7 معرفی شدند.نتیجه گیری: نتایج حاصل از بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد از بین چهار mirna شناسایی‌شده، احتمالاً mir-155-5p و mir-92a-5p به ترتیب به عنوان mirna‌های هدف‌گیرنده اختصاصی ژن‌های e6 و e7 هستند؛ بنابراین، به نظر می‌رسد این mirna‌ها می‌توانند کاندید مناسبی برای مطالعات آزمایشگاهی در بیماران مبتلا به cc باشند.

Bioinformatics Prediction of miRNAs Targeting E6 and E7 Genes in Human Papillomavirus Types 16 and 18 in Cervical Cancer

Background and Aim: Cervical Cancer (CC) is the third most common malignancy in the women, the main cause of which is human papillomavirus (HPV). Both E6 and E7 oncogenes of the virus play an important role in its tumorigenesis. Today, methods available for screening CC are not capable of detecting the disease at an early stage. Therefore, it is important to identify new biomarkers for early detection of this cancer. For this purpose, in the present study, miRNAs targeting the two oncogenes E6 and E7 of human papillomavirus (types 16 and 18) were studied in CC by bioinformatics.Methods Materials: First, using the NCBI database, the E6 and E7 gene sequences were obtained for both human papillomavirus types 16 and 18. Then, using the miRBase and RNA22 bioinformatics databases, the most appropriate targeting miRNAs for these genes were selected.Ethical Considerations: This study was approved by Ethics Committee of Arak University of Medical Sciences.Results: Based on the P obtained from bioinformatics databases, miRNA including miR92a5p (P=7.51e2), miR1953p (P=2.24e1), miR34a5p (P=2.73e1) and miR1555p (P=4.95e2) were introduced for the two genes E6 and E7.Conclusion: Results from bioinformatics studies revealed that of the four miRNAs identified, miR1555p and miR92a5p are probably the targeting miRNAs specific for the E6 and E7 genes, respectively. Therefore, it seems that these miRNAs can be a suitable candidate for in vitro studies in CC patients.