پیش‌بینی بیوانفورماتیکی mirna‌های هدف گیرنده ژن‌های baff و april در بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن

زمینه و هدف لوسمی لنفوسیتی مزمن شایع‌ترین لوسمی در بزرگسالان است که حدود 25 تا 30 درصد از کل لوسمی‌ها را شامل می‌شود. از علل مهم اتیولوژیک این لوسمی می‌توان به اختلال در مسیر پیام‌رسانی nfkb اشاره کرد. دو پروتئین april و baff با تاثیر در مسیر پیام‌رسانی nfkb در بیماری‌زایی این لوسمی ایفای نقش می‌کنند. بنابراین در مطالعه پیش رو با توجه به اثر تنظیمی mirna‌ها در بسیاری از فرایندهای سلولی، به پیش‌گویی mirna‌های شاخص هدف گیرنده ترانسکریپت‌های مربوط به april و baff با استفاده از نرم‌افزار‌های بیوانفورماتیکی مختلف و اختصاصی پرداخته شد.مواد و روش ها بعد از دریافت توالی پروتئین‌های april و baff از سایت ncbi، با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miranda، targetscan، mirwalk، diana و mirdb با الگوریتم‌های متفاوت به بررسی و پیش‌گویی mirna‌های هدف گیرنده ژن‌های مذکور پرداخته شد.ملاحظات اخلاقی این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم پزشکی اراک تصویب شده است.یافته ها درنهایت بر اساس امتیازدهی توسط نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک مذکور و بالاتربودن امتیاز و هدف‌گیری مناسب‌تر، hasmir1455p و hasmir1855p به عنوان mirna‌های هدف گیرنده ژن april و همچنین hasmir424 و hasmir497 به عنوان mirna‌های هدف گیرنده ژن baff معرفی و برای فاز مطالعات عملی آینده انتخاب شدند.نتیجه گیری با توجه به نقش مهم ژن‌های april و baff در روند طبیعی مرگ سلولی و تکامل سلول‌های b به نظر می‌رسد می‌توان از این mirna‌های پیش‌گویی‌شده با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیک با الگوریتم متفاوت به عنوان بیومارکرهای مولکولی تشخیصی در جهت شناسایی بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن سود جست.

Bioinformatic Prediction of miRNAs Targeting APRIL and BAFF Genes in Chronic Lymphocytic Leukemia

Background and Aim Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most commonly occurring leukemia in adults, accounting for about 3025% of total leukemia. One of the important etiological causes of this leukemia is the disruption of the Nuclear Factor Kappa B (NFkB) signaling pathway. The two proteins of ApoptosisInducing Ligand (APRIL) and BCell Activating Factor (BAFF) play a role in the pathogenesis of this leukemia by affecting the NFkB signaling pathway. In this study, due to the effect of miRNAs in regulating many cellular processes, the prediction of the prominent miRNAs targeting APRIL and BAFF transcripts in Bcell CLL patients was evaluated using specific and different bioinformatics programs.Methods Materials Afterwards retrieving the sequences of APRIL and BAFF proteins from the NCBI website, by using several programs including miRanda, TargetScan, miRWalk, DIANA and miRDB with different algorithms, the prediction of miRNAs targeting these genes was investigated.Ethical Considerations This study was approved by the Research Ethics Committee of Arak University of Medical Sciences.Results Based on the scoring system of bioinformatics programs, ldquo;hsamiR1455p rdquo; and ldquo;hsamiR1855p rdquo; were identified as miRNAs targeting APRIL gene, while ldquo;hsamiR424 rdquo; and ldquo;hsamiR497 rdquo;were miRNAs targeting BAFF gene. They were suggested for the practical studies in future.Conclusion Based on the important role of APRIL and BAFF genes in the normal process of cell death and Bcell evolution, it seems that the miRNAs predicted by bioinformatics programs using different algorithms can be used as a diagnostic molecular biomarker to identify Bcell CLL patients.