بررسی تنوع ژنتیکی مارکر rs4898352 در ناحیه ژنی f8 به عنوان یک مارکر گویا در مطالعه بیماری هموفیلی a در جمعیت اصفهان

زمینه و هدف: هموفیلی a یک اختلال خون ریزی دهنده وابسته به جنس مغلوب است که به علت جهش های گوناگون در ژن فاکتور ٨ که پروتئین انعقادی فاکتور 8 را کد می کند، رخ می دهد. با توجه به درجه بالای هتروژنی جهش ها، بزرگی اندازه (kb١٨٦) و پیچیدگی ساختار ژن فاکتور ٨، آنالیز مستقیم جهش ها پرهزینه و زمان بر است. بنابراین آنالیز پیوستگی با استفاده از مارکرهای پلی مورفیسم اطلاع دهنده مانند مارکرهای پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (snp)، به عنوان روشی سریع و مقرون به صرفه برای تشخیص حاملین هموفیلی a در خانواده های بیمار معرفی شده است. مارکرهای چند شکلی تک نوکلئوتیدی متعددی در ناحیه ژنی f8 گزارش شده است.مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، خصوصیات و هم چنین اطلاع دهندگی مارکر a/t snp (rs4898352) واقع در اینترون 18 ناحیه ژنی f8 در جمعیت اصفهان مورد مطالعه قرار گرفت. تعیین ژنوتیپ مارکر rs4898352 با استفاده از تکنیک tetra primer arms pcr و به دنبال آن الکتروفورز با ژل آگارز در 140 زن سالم غیرخویشاوند در جمعیت مزبور انجام شد. آغازگرهای جدید با استفاده از نرم افزار الیگو 7 برای مارکر rs4898352 طراحی شدند. برای تعیین میزان فراوانی آللی، درجه هتروزیگوسیتی و تعادل هاردیوینبرگ از نرم افزار genepop و برای تخمین مقدار فاکتور ظرفیت اطلاعاتی پلی مورفیسم (pic) از نرم افزار powermarker استفاده شد.یافته ها: نتایج نشان دادندکه فراوانی آللی پلی مورفیسم rs4898352 برای آلل a و t به ترتیب ٤٨٢/٠ و ٥١٨/ می باشد. میزان هتروزیگوسیتی مشاهده شده ٦٠ درصد بود و مشخص شد که جمعیت اصفهان برای مارکر rs4898352 در تعادل هاردیوینبرگ می باشد(05/0p>). به علاوه، بررسی مقدار pic مارکر مزبور حاکی از اطلاع دهندگی شدید آن در جمعیت اصفهان می باشد.نتیجه گیری: به طور کلی، داده ها نشان دادند که مارکر rs4898352 را می توان به عنوان یک مارکر آگاهی دهنده در بررسی مولکولی بیماری هموفیلی a در جمعیت اصفهان معرفی کرد.

Analysis of Genetic Variation of rs4898352 Marker in F8 Gene Region as a Highly Informative Marker for Stidy of Hemophilia A in the Isfahanian Population

Background: Hemophilia A is an Xlinked bleeding disorder caused by heterogenous mutations in factor VIII gene that encodes coagulation factor VIII (F8) protein. Due to the high heterogeneity of mutations, large size (186 kb) and structural complexity of the F8 gene, direct mutation analysis is costly and time consuming. Alternatively, linkage analysis using informative polymorphic markers such as single nucleotide polymorphism (SNP) markers has been introduced as a rapid and cost effective method for hemophilia A carrier detection in families with an affected individual. Several SNP markers associated with the F8 gene region have been studied.Materials and Methods: In this exprimental study, the characteristics of A/T SNP (rs4898352) as an informative marker located in intron 18 of F8 gene region was investigated in Isfahanin population. rs4898352 marker was genotyped using tetra primer ARMS PCR method followed by agarose gel electrophoresis in 140 unrelated control healthy females in mentioned population. New primers were designed for rs4898352 marker using the oligo 7 software. The allele frequency, degree of heterozygosity and HardyWeinberg equilibrium were estimated by use of Genepop program. The polymorphism information content (PIC) value was estimated using the Powermarker software. Results: The results showed that the allele frequency of rs4898352 polymorphism for A and T alleles was 0.482 and 0.518, respectively. The observed heterozigosity rate was 60%. Analysis of HardyWeinberg Equilibrium demonstrated that the Isfahan population was in equilibrium (p>0.05) for rs4898352 marker. Moreover, analysis of PIC value revealed that this marker could be considered as a highly informative marker in the mentioned population.Conclusion: Together, the data suggested that rs4898352 could be introduced as an informative marker for molecular diagnosis of hemophilia A in Isfahan Population