پیش‌بینی بیوانفورماتیک و معرفی برخی از‌micrornaهای هدف گیرنده‌ی ژن‌های sirt1 و bcl2 در مدل بیماری پارکینسون

زمینه و هدف: استرس اکسیداتیو و اختلال کارکرد میتوکندری که منجر به مرگ آپوپتوزی در نورون ها می گردند، نقش مهمی در پاتوژنز پارکینسون ایفا می کنند. از طرفی، بر هم خوردن تنظیم microrna ها می تواند منجر به بروز بیماری مخرب اعصاب متعددی شود. sirt1و bcl2 به عنوان دو ژن کلیدی، روندهای پاتوژن هم چون اختلال کارکرد میتوکندری، استرس اکسیداتیو و آپوپتوز را در بیماری های مخرب اعصاب تنظیم می کنند.مواد و روش ها: به منظور بررسی نقش microrna ها در مدل بیماری پارکینسون، از دو پایگاه داده mirwalk 2.0 وtargetscan (v7) به منظور پیش بینی برهم کنش های micrornaهدف استفاده شد. یافته ها: اثرات احتمالی microrna های مختلف بر ژن های bcl2 و sirt1 در رت آنالیز شد. نتایج حاصل از پایگاه های داده نشان داد که micrornaهایی چون rno-mir-449a، rno-mir-182،rno-mir-211، rno-mir-34b، rno-mir-34c، rno-mir-448، rno-mir-466b و rno-mir-96 با احتمال بسیار قوی می توانند موجب مهار بیان ژن bcl2 شوند. هم چنینmicrorna هایی چون rno-mir-181 ، rno-mir-211، rno-mir-27a، rno-mir-449a، rno-mir-34c، rno-mir-30، rno-mir-200a و rno-mir-448 ژن sirt1 را قویاً مهار می کنند. نتیجه گیری: بر اساس یافته ها می توان چنین پیش بینی نمود که با توجه به امتیاز بالای microrna های rno-mir-211، rno-mir-34c، rno-mir-448 وrno-mir-449a دربر همکنش با ژن های bcl2 و sirt1 در پایگاه داده های مزبور، اینmicrorna ها احتمالاً می توانند نقش موثری درروند بیماری ایفا نمایند. بنابراین این micrornaها می توانند به عنوان کاندیدهای مناسب جهت بررسی در مدل in vitro بیماری پارکینسون معرفی شوند.

Bioinformatic prediction and introducing of some targeting microRNAs of Sirt1 and Bcl2 genes in model of Parkinson's disease

AbstractBackground: Oxidative Stress and mitochondrial dysfunction leading to apoptotic death of neurons play key role in the pathogenesis of the Parkinson's disease. On the other hand، misregulation of microRNAs can cause several neurodegenerative diseases. Sirt1 and Bcl2 as two key genes, regulate pathogenic processes in neurodegenerative diseases such as mitochondrial dyfunction, oxidative stress and apoptosis. Materials and Methods: To investigate the role of microRNAs in model of Parkinson's disease, miRWalk 2.0 and TargetScan (v7) databases were served to predict microRNAtarget interactions.Results: Possible targeting effects of different microRNAs on Bcl2 and Sirt1 genes in Rat organism were analyzed. Merging data from databases has shown that rnomiR449a, rnomiR182, rnomiR211, rnomiR34b, rnomiR34c, rnomiR448, rnomiR466b and rnomiR96 with strong possibility can inhibit expression of Bcl2 gene. Also, rnomiR181, rnomiR211, rnomiR27a, rnomiR449a, rnomiR34c, rnomiR30, rnomiR200a and rnomiR448can inhibit Sirt1 gene with high possibility.Conclusion: According to the findings, it can be predicted that regarding to high interaction scores of rnomiR211, rnomiR34c and rnomiR448 and 449awith Bcl2 and Sirt1 genes in abovementioned databases, these microRNAs probably can have critical role in disease process. Thus, these microRNAs can be introduced as appropriate candidates for investigations in in vitro model of Parkinson's disease.