بررسی آلودگی ارقام مختلف نیشکر به ویروس موزاییک نیشکر (scmv) در استان خوزستان

ویروس موزاییک نیشکر (scmv) یکی از بیماری‌های مهم گیاه نیشکر است. در این پژوهش غربال‌گری بیماری ویروس موزاییک نیشکر در ارقام وارداتی و نمونه‌های موجود در داخل با روش‌های مولکولی مبتنی بر اسید نوکلئیک انجام شد. در سال زراعی 94-1393، نمونه‌های دارای علائم بیماری از 90 رقم مختلف مربوط به شش کشتخوان نیشکر جمع‌آوری و بخش‌هایی از پهنک آن‌ها جداسازی شدند. نمونه‌ها در شرایط سرمای خشک انجمادی و در ازت مایع پودر شدند. آغازگر مناسب جهت تکثیر حدود 1040 جفت باز از ناحیۀ پروتئین پوششی و پروتئین nib طراحی و با استفاده از روش rt-pcr تکثیرشد. از بین 90 نمونۀ موردبررسی، 10 نمونۀ نیشکر با تولید قطعات تکثیری موردانتظار آلوده به ویروس موزاییک نیشکر بودند. این نمونه‌ها مربوط به ارقام irc9906، v584 و q58 از موسسۀ تحقیقات و آموزش توسعۀ جانبی نیشکر خوزستان، irc99-09، irc00-21 و 4380-3 از کشت و صنعت سلمان فارسی، cp80-1557 و v68-74 از کشت و صنعت امام خمینی و دو رقم نامشخص بودند. چهار نمونه از قطعات تکثیری به‌صورت دو جهته و مستقیم توالی‌یابی و در بانک ژن ذخیره شدند. جستجوی بلاست توالی‌های مربوط به چهار جدایۀ ردیابی‏شدۀ kh40، kh41، kh44 و kh28 نشان داد که این جدایه‌ها دارای بیشترین شباهت به جدایه‏های ایرانی و آرژانتینی هستند. درخت فیلوژنتیکی ترسیمی با استفاده از الگوریتم درست‌نمائی بیشینهنشان داد که جدایه‌های ایران احتمالاً از جمعیت‌های آرژانتین و چین منشا گرفته‌اند.

A study on the infection of Sugarcane Mosaic Virus in different cultivars of sugarcane in Khuzestan province

Sugarcane Mosaic Virus (SCMV) is one of the important diseases of the sugarcane. In this study, the infection of sugarcane mosaic virus in imported and existing cultivars was screened based on nucleic acidbased molecular methods. During 2014–15, samples showing disease symptoms were collected from 90 different cultivars grown in six sugarcane agroindustries and their partial blades were separated. The samples were freezedried and powdered in liquid nitrogen. Suitable primers were designed to amplify 1040 bp from the nuclear inclusion B and coat protein gene sequences using the RTPCR method. Ten out of 90 surveyed samples were SCMVinfected and produced expectedsize fragments. These samples belonged to the cultivars of IRC9906, V584, and Q58 from Sugarcane Research and Training Institute for the Development of Industries in Khuzestan, IRC9909, IRC0021, and 43803 from Salman Farsi agroindustry, CP801557 and V6874 from Imam Khomeini agroindustry and two uncertain cultivars. Four out of 10 detected samples were directly sequenced and deposited in GenBank. A BLASTn search of the four detected isolates, including Kh10, Kh41, Kh44, and Kh28, showed the highest identity to isolates from Iran and Argentina. Phylogenetic tree constructed using the maximum likelihood algorithm showed that the Iranian isolates were probably originated from Argentina and China.