|
|
|
|
شناسایی mirna ها و ژن های هدف مرتبط با آنها در گیاه خشخاش ( papaver somniferum)
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
کریمی علی اکبر ,نقوی محمدرضا ,نصیری جابر
|
|
منبع
|
علوم گياهان زراعي ايران - 1396 - دوره : 48 - شماره : 4 - صفحه:1161 -1170
|
|
چکیده
|
Mirna ها یک رده از rna های تنظیم کننده کوچک درون هسته ای و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 17-22 نوکلئوتید می باشند. mirna ها بیان ژن را پس از رونویسی از طریق تجزیه mrna یا مهار ترجمه انها کنترل کرده و نقش های متنوعی را در فرایند های بیولوژیکی و متابولیکی در گیاهان و جانوران بازی می کنند. روش های متعددی برای شناسایی mirna ها موجود می باشد که یکی از ساده ترین و کم هزینه ترین انها ، روش شناسایی بیوانفورماتیکی می باشد. در این مطالعه با هدف شناسایی mirna متمایز در گیاه خشخاش، مطالعه ای مبتنی بر جستجوی همولوژی بین est های گیاه خشخاش و mirna ها انجام گرفت. بطوریکه ابتدا همه توالی های est های گیاه خشخاش از بانک اطلاعاتی ncbi در برابر mirna های شناخته شده blastn شدند و در نهایت هفت mirna کاندید متمایز در گیاه خشخاش شناسایی شد. ژن های هدف شناسایی شده با استفاده از نرم افزارهای مختلف مورد بررسی قرار گرفتند و مشخص گردید که mirna های کاندید مرتبط با ژن های رمزکننده سرین/ ترئونین کیناز (انتقال سیگنال)، پروتئین های ppr (ویرایش و پایداری rna )، گلوبولین های7s ( هیدراسیون و دهیدراسیون سلول)، فتوتروپین ها (پاسخ های نورگرایی)، پروتئین های سرین/ ترئونین فسفاتاز (متابولیسم گلیکوژن) و پروتئین های خانواده tir ( دفاع در برابر باکتریها) می باشد. این ژن ها نقش مهمی در رشد و نمو ، متابولیسم ، تعیین مورفولوژی و زمان گلدهی و پاسخ به استرس های زنده و غیر زنده را بازی می کنند.
|
|
کلیدواژه
|
بیوانفورماتیک،گیاه خشخاش، همردیفی توالی، ,mirna ,est،rna،غیر رمزآور، papaver somniferum
|
|
آدرس
|
دانشگاه تهران, ایران, دانشگاه تهران, ایران, دانشگاه تهران, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Identification of miRNAs and their target genes in Papaver somniferum
|
|
|
|
|
Authors
|
karimi ali akbar ,Naghavi MohammadReza ,Nasiri Jaber
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|