بررسی ژن های غیرکد کننده مرتبط با سندرم آسیت در طیو ر

اهداف: سندرم آسیت ، عارضه‌ای است که معمولا، در جوجه‌های گوشتی در حال رشد در تمام نقاط دنیا رخ می دهد واین بیماری یکی از علل مهم تلفات در بسیاری از گله‌ها می‌باشد. درسبب‌شناسی این عارضه درپرندگان حساس نسبت به پرندگان مقاوم، علاوه بر فاکتور‌های محیطی، پروفایل بیان متفاوت ژن‌ها احتمالا، در حین یا قبل از بروز بیماری دخیل می‌باشد. همچنین، عامل این تفاوت بیان ژن، ممکن است تحت تاثیر rnaهای غیرکدکننده طویل باشد. لذا هدف از تحقیق حاضر، شناسایی و کشف ژن‌های غیرکدکننده بلند طولانی موثر برسندرم آسیت در جوجه‌های گوشتی بود.مواد و روش‌ها: بدین منظور، از شش مجموعه داده متعلق به چهاربافت (کبد، کلیه، قلب و سرخرگ ششی) استفاده شد. جهت شناسایی ژن‌های غیرکدکننده بلند طولانی از انواع نرم‌افزارها (cpc2, cnit plek, feelnc, plit) و انواع بلاستها بر علیه پایگاه داده های مختلف nr و refseq و همچنین، سایر ابزارهای شناسایی رونوشت‌ها استفاده شد. برای انجام متاآنالیز ازنرم‌افزار meta rnaseq و روش فیشر استفاده شد.یافته‌ها: بررسی نتایج این تحقیق نشان داد که 188 رونوشت lncrna به عنوان rna غیرکدکننده بلند طولانی جدید در بافت‌های مورد بررسی کشف و شناسایی شدند. از این تعداد، 166 lncrna در فاصله 50±هزار بازنوکلئوتیدی با 689 تعداد ژن همجوار بودند. آنالیز همبیانی نشان داد که بین 13عدد lncrna وتعداد 17 ژن همجوار همبستگی بالای 90/0 وجود داشت. از این 17تعداد ژن همجوار،6 تعداد ژن کدکننده شناخته شده بودند. بررسی سطح معنی‌داری بین گروه پرندگان سالم و آسیتی نشان داد که در بافت سرخرگ ششی بیان 4 ژن به صورت معنی داری متفاوت بود که این 4 ژن همجوار کدکننده با3 تا lncrna ارتباط بیانی داشتند. بعبارت دیگر، یک lncrna دو ژن همجوار را کنترل می‌کرد. درمتاآنالیز نیز تعداد 9 ژن lncrna بین پرندگان سالم و آسیتی بطور معنی داری دارای بیان افتراقی بود که بررسی های بیشتر آنها نشان دهنده ارتباطات آنها با سندروم آسیت بود. نتیجه گیری: نتایج این تحقیق به روشنی نشان داد که lncrna ها نقش مهمی در بروز بیماری آسیت ایفا می کنند و با مدیریت ژنتیکی گله‌های مرغان تجاری می‌توان بروز این عارضه در مرغداری‌ها را کم و ضررهای اقتصادی را کنترل کرد.

identification of long noncoding genes associated with ascites syndrome

introduction: ascites syndrome (as), a complex and multifactorial genetic metabolic disorder with wide prevalence in especially meat type chickens, causes substantial economic loses in poultry farms worldwide as it’s mortality rate is increasing with the age of the bird. although the susceptibility to as has genetic base, the harsh and stress full environmental conditions such as cold ambient temperature, energy rich diets, salty waters trigger the incidence of as significantly. as compared to the resistant ones, the susceptible birds demonstrate physiological modifications as well as sever changes in gene expression during or before the onset of the diseases. long non coding rnas, acting as the modulators or regulators of the protein coding genes, play key rules in the regulation of gene expression (wang et al., 2012). here, the main objective of the current work was to detect some novel long non coding rnas as well as to assess their potential association with as using the next generation sequencing data originated from four tissues of the ascitic and healthy broiler chickens. materials and methods: six data sets in four tissues (liver, kidney, heart and pulmonary artery) were used for this research. hisat2 software was used to align the reads with chicken reference genome and sting tie software package was used to assemble the transcripts. to identify long non coding genes, we used various software (cpc2, cnit plek, feelnc, plit) and blast methods. meta rnaseq software and fisher's method were used to perform meta analysis. results: examination of the results of this research revealed that 188 lncrnas were detected in the examined tissues and identified as new long non coding rnas. of these, 160 lncrnas were located within 50,000 contiguous 689 genes. coexpression analysis showed that there was a correlation of 0.9 between 13 lncrnas and 17 neighboring genes. of these 17 neighboring genes, 6 coding genes were known. examination of the level of significance between the healthy group and the ascites group in the examined tissues showed that in the pulmonary artery tissue the expression of 4 genes was significantly different and these 4 adjacent coding genes with 3 lncrnas, i.e. h. an lncrna that controls two adjacent genes. in the meta analysis, 9 lncrna genes were differentially expressed between healthy chickens and ascites chickens. conclusion: the results of this research showed that lncrnas play an important role in the occurrence of ascites disease and that genetic management can reduce the occurrence of this complication in poultry farms and control economic losses.