بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و ارتباط فیلوژنتیکی گاومیش نژاد خوزستانی

زمینه مطالعاتی: باتوجه به اهمیت گاومیش در جهت سازگاری با محیط های خشک، مقاومت در برابر بیماری ها، پایین بودن هزینه های نگهداری و استفاده موثر از  مواد خشبی کم ارزش در جهت تولید مواد پروتئینی با ارزش، ارتقا ژنتیکی آن حائز اهمیت فراوانی است. هدف:  این تحقیق به منظور یافتن فواصل ژنتیکی گاومیش های مناطق مختلف خوزستان و ارتباط ژنتیکی آنها به کمک آرایه چندشکلی تک نوکلئوتیدی اجرا شد. روش کار: در این مطالعه از تعداد 121 راس گاومیش از  گله هایی که تحت پوشش سیستم ثبت مشخصات و رکوردگیری شیر در شهرستان های اهواز، دزفول، شادگان، شوش، شوشتر، دشت آزادگان، کرمانشاهی با منشاء خوزستانی و سایر مناطق  بودند، نمونه گیری شد. نمونه ها با استفاده از تراشه ژنومی اختصاصی گاومیش با تعداد 90 هزار نشانگرsnp  تعیین ژنوتیپ شدند. سپس جایگاه های با حداقل فراوانی آللی کمتر از 0.01، تعادل هاردی واینبرگ کمتر از 610 و نرخ خوانش کمتر از 0.05 کنار گذاشته شدند. داده ها بکمک روش های آماری چند متغییره همچون آنالیز مولفه های اصلی مورد کنکاش قرار گرفتند. نتایج: نتایج آنالیز روابط فیلوژنتیکی نشان داد گاومیش های اهواز بدلیل مرکزیت، متاثر از گاومیش های سایر نقاط استان می باشند، ولی گاومیش های شوشتر و دزفول و دشت آزادگان، نسبت به اهواز اختلاط کمتری دارند. با استفاده از آنالیز مولفه های اصلی نتایج فوق تایید شد. جهت بررسی الگو و ساختار ژنتیکی برای جمعیت های گاومیش استان خوزستان ارزش های  fstبرای هر snp به روش نااریب تتا محاسبه گردید. بیشترین میانگین ارزش fst بین جمعیت مربوط به گاومیش های شهرستان های دشت آزادگان و شادگان به ترتیب 0.0159 و 0.0147 و کمترین مربوط به شهرستان های اهواز و شوش به ترتیب 0.0087 و 0.0086 بود. آزمون های آماری ژنتیکی جمعیتی و تنوع نژادی نشان داد که در درون جمعیت گاومیش های خوزستانی تنوع ‍ ژنتیکی بالایی وجود دارد. نتیجه گیری نهایی: نتایج گرافیکی آزمون های خوشه بندی و انتساب حاکی از وجود حداقل 3 زیر جمعیت نسبتاً مجزا در گاومیش های خوزستان می‌باشد. نتایج این تحقیق در مورد تنوع ژنتیکی مشاهده شده در سطح نوکلئوتیدها و فاصله ژنتیکی بین گروه های جمعیتی گاومیش استان، در مطالعات بعدی همچون تشکیل جمعیت پایه گاومیش خوزستان  و انتخاب ژنومیکی شایسته توجه هستند.