>
Fa   |   Ar   |   En
   بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم  
   
نویسنده امیری قنات سامان زینب ,اسمعیلی زاده کشکوئیه علی ,اسدی فوزی مسعود
منبع علوم دامي ايران - 1395 - دوره : 47 - شماره : 2 - صفحه:271 -277
چکیده    در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلاده گرگ بومی ایران نمونه گیری شد. توالی یابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی‌یابی نسل جدید انجام شد. داده ها توسط برنامه bwa با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامه gatk  شناسایی شد ند. تغییرپذیری (واریانت) های ساختاری با برنامه  breakdancer1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامهsnpeff  انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونه های سگ و گرگ با vcftools  محاسبه شد ند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونه‌های سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی های تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیه بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه‌وتحلیل داده‌ها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.
کلیدواژه تغییرپذیری ساختاری، حذف و اضافه کوچک، چندریختی تک نوکلئوتیدی
آدرس دانشگاه شهید باهنر کرمان, دانشکده کشاورزی, بخش مهندسی علوم دامی, ایران, دانشگاه شهید باهنر کرمان, دانشکده کشاورزی, بخش مهندسی علوم دامی, ایران, دانشگاه شهید باهنر کرمان, دانشکده کشاورزی, بخش مهندسی علوم دامی, ایران
پست الکترونیکی masadi@uk.ac.ir
 
   Study of structural diversity of genome Iranian native dog and wolf with the method whole genome sequencing  
   
Authors Esmailizadeh Koshkoiyeh Ali ,Asadi Fozi Masood ,Amirighanatsaman Zeinab
  
 
 

Copyright 2023
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved