بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم

در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلاده گرگ بومی ایران نمونه گیری شد. توالی یابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی‌یابی نسل جدید انجام شد. داده ها توسط برنامه bwa با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامه gatk  شناسایی شد ند. تغییرپذیری (واریانت) های ساختاری با برنامه  breakdancer1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامهsnpeff  انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونه های سگ و گرگ با vcftools  محاسبه شد ند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونه‌های سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی های تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیه بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه‌وتحلیل داده‌ها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.