کارآیی فن‌آوری تعیین ژنوتیپ از طریق توالی‌یابی و مقایسه آن با آرایه‌ی چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی در یک جمعیت مرغ نسل دو

پژوهش‌گران حوزه ژنوم در بخش طیور انواع گسترده‌ای از فناوری‌ها را برای جمع‌آوری اطلاعات ژنتیکی در اختیار دارند. این فناوری‌ها که عبارت از آرایه‌های‌ چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی مرغ و تعیین ژنوتیپ مبتنی بر توالی‌یابی هستند، بسته به اهداف مطالعه می‌تواند استفاده‌های مختلفی داشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، مقایسه‌ی نتایج حاصل از توالی‌یابی یک جمعیت f2 حاصل از تلاقی دو طرفه پرنده‌های بومی ارومیه و یک لاین تجاری گوشتی آرین با استفاده از فن‌آوری‌های توالی‌یابی و آرایه k60 بود. در فن‌آوری توالی‌یابی، 882918 نشان‌گر شناسایی شد که 815613 آن‌‌ها (40/92 درصد)  مربوط به کروموزوم‌های 1 تا 28 بودند. در این فن‌آوری، کروموزوم 1 بیشترین و کروموزوم w کم‌ترین تعداد نشان‌گر را داشتند. در فن‌آوری آرایه، تعداد 51347 نشان‌گر بر روی کروموزوم‌های 1 تا 28 پراکنده بودند و کروموزوم 1 بیشترین و کروموزوم 16 کم‌ترین تعداد نشان‌گر را نشان داد. داده‌های حاصل از فن‌آوری توالی‌یابی، تعداد نشان‌گر و بلوک‌های هاپلوتایپی بیشتری نسبت به آرایه‌ی 60 کیلوبازی شناسایی کرد. میزان عدم تعادل پیوستگی در فواصل فیزیکی 10 کیلوباز، 100 کیلوباز و 1000 کیلوباز در فن‌آوری توالی‌یابی نسبت به آرایه‌ی 60 کیلوباز کم‌تر بود. تنوع زیاد نشان‌گرها در داده‌های ژنوتیپ‌کردن از طریق توالی‌یابی موجب شد ساختارهای جمعیتی و خویشاوندی یکنواختی ایجاد شود. همچنین، علاوه بر عملکرد بالا در شناسایی نشان‌گرها، فن‌آوری ژنوتیپ کردن از طریق توالی‌یابی، هزینه‌های تعیین ژنوتیپ به‌ازای هر نمونه را نیز کاهش داد، بنابراین، به نظر می‌رسد استفاده از فن‌آوری ژنوتیپ کردن از طریق توالی‌یابی بتواند جایگزین مناسبی برای فن‌آوری آرایه‌ی k60 در مطالعات پویش ژنوم در جمعیت‌های مرغ شود.

efficiency of genotyping by sequencing technology and its comparison with single nucleotide polymorphism array in an f2 chickens population

for researches, there is a wide variety of available technologies to collect molecular information in the field of chicken genomics. these technologies, which consist of single-nucleotide polymorphism (snp) arrays and genotyping by sequencing (gbs), depending on the goals of the study, can have different applications. the aim of this study was to compare the results of markers genotyped by two technologies, namely, 60 k snp beadchip and genotyping by sequencing, using data collected on f2 chicken population resulting from a reciprocal crosses between a native bird of urmia and a fast-growing commercial arian line. in genotyping by gbs, 882,918 snps were identified, of which 815,613 snps (92.40%) were located on chromosomes 1 to 28. in 60 k snp array, the number of snps for each sample were 51347, which were distributed on chromosomes 1 to 28. the gbs data identified more markers and haplotype blocks than the 60 k snp array. the rate of linkage disequilibrium (ld) in the physical distances of 10, 100 and 1000 kbp in gbs was less than that of snp array. the large variety of snps in the gbs resulted in a uniform population structures and kinship. also, in addition to the high performance for identifying single nucleotide polymorphisms, the technology of gbs also reduced the costs of the genotyping for each sample, therefore, it seems that the use of genotyping by sequencing technology could be a suitable alternative method to the 60 k snp beadchip array technology for genome-wide association studies in chicken population.