اثر خطای تعیین ژنوتیپ نشانگر در صحت پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی در صفات آستانه‌ای

هدف از این مطالعه بررسی اثر خطای تعیین ژنوتیپ نشانگر و نوع طرح آمیزشی و انتخابی (ارزش اصلاحی و فنوتیپی) در صحت ارزیابی ژنومی تحت سطوح مختلف وراثت‌پذیری (0.05، 0.1 و 0.3) و تراکم نشانگرها (500، 1000 و 1500) به وسیله ی شبیه سازی در صفت آستانه ای بود. ژنومی شامل دو کروموزوم هر یک به طول 100 سانتی مورگان، و بر روی هر کروموزوم 125 qtl شبیه سازی شد. به منظور شبیه سازی صفت آستانه ای، 20 درصد از فنوتیپ برتر در هر نسل دو و مابقی یک در نظر گرفته شدند. ارزش اصلاحی ژنومی با استفاده از اثرات نشانگری برآورد شده توسط روش آماری بیز b پیش بینی شد. صحت ارزیابی های ژنومی نشان داد که طرح آمیزشی و انتخابی ارزش اصلاحی در مقایسه با طرح آمیزشی و انتخابی فنوتیپی صحت بیشتری دارد. صحت ارزیابی های ژنومی با افزایش خطای تعیین ژنوتیپ در هر دو طرح آمیزشی و انتخابی ارزش اصلاحی و فنوتیپی کاهش یافت. نتایج نشان داد با افزایش درصد خطای تعیین ژنوتیپ، افزایش تراکم نشانگر منجر به افزایش صحت پیش بینی ارزیابی ژنومی می‌شود.

effect of marker genotyping error on the prediction accuracy of genomic breeding value in threshold traits

the purpose of this study was to investigate the effect of different rates marker genotyping error and the type of mating and selection design (breeding value and phenotypic) on the accuracy of genomic prediction assessment under different levels of heritability (0.05, 0.1 and 0.3) and marker density (500, 1000 and 1500) by simulation in threshold trait. the genome consisted of two chromosomes, each 100 cm, and 125 qtls were randomly distributed on each chromosome. in order to simulation a threshold trait, 20 percent of the top-level phenotypes were considered to be 2, and the rest were considered as 1. genomic breeding value was predicted using marker effects estimated by bayes b statistical method. comparison of the accuracy of genomic evaluations showed that selection and mating designs of breeding value was more accurate than the selection and mating designs of phenotypic. the accuracy of genomic prediction decreased with increasing marker genotyping error in both selection and mating designs of breeding value and phenotypic. the results showed that with increasing the percentage of marker genotyping error, increasing the number of markers leads to increasing the accuracy of genomic breeding value prediction.