تنوع توالی سیتوکروم-b ژنوم میتوکندی در اسبهای کرد ایران

بررسی توالی نوکلئوتیدی ناحیه سیتوکروم-b ژنوم میتوکندری در درون جمعیت‌ها می‌تواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در جمعیت مورد مطالعه باشد. تحقیق اخیر به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در اسب کرد و رابطه فیلوژنتیکی اسب کرد با سایر نژادهای اسب در دنیا با استفاده از ناحیه سیتوکروم-b انجام شد. بدین منظور از 30 راس اسب نژاد کرد خون‌گیری بعمل آمد و dna آن به روش نمکی استخراج گردید، سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ناحیه سیتوکروم-b به طول 1029جفت باز تکثیر و تمام نمونه‌ها بعد از خالص‌سازی توالی‌یابی شدند. قطعه مورد نظر پس از توالی‌یابی، با نرم‌افزار bioedit  ویرایش و قطعة 882 جفت بازی از آن استخراج شد. نمونه‌ها با توالی مرجع اسب به شماره دسترسی (x79547) با استفاده از رویه clustal-w همردیف شدند. تعداد هاپلوتیپ، جایگاههای نوکلئوتیدی متغیر، تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار dnasp4.0 تعیین شد. درخت فیلوژنی با استفاده از نرم افزار mega6.1 به روش neighbour-joining ترسیم شد. تعداد 7 هاپلوتایپ با 7 جایگاه نوکلئوتیدی متغیر شناسایی شد. هاپلوتایپهای بدست آمده همگی در هاپلوگروه k قرار گرفتند. میزان تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی به ترتیب 0.001±0.784 و 0.001±0.00218 برآورد شد. ترکیب نوکلئوتیدها در توالی شاخص شامل 21.27% نوکلئوتید a، 32.77% نوکلئوتید c، 13.15% نوکلئوتید g و 26.87% نوکلئوتید  tبود. بر اساس نتایج آنالیز فیلوژنی، اسب کرد از نظر ژنتیکی به نژادهایی از ژاپن، چین ، نژادی از لهستان و عربستان نزدیکتر است، که نشان دهنده تشابه ژنتیکی بیشتر اسب کرد با نژادهای آسیایی و تا حدودی اروپایی می‌باشد..

mitochondrial dna cytochrome-b variability in iraniankurdish horse breed

investigation of mitochondrial genome sequence of cytochrome-b region within population can be a good indicator for diversity in the studied population. a recent study was conducted to investigate the genetic diversity in kurdish horses and phylogenetic relationship of between kurdish horse with other horse breeds in the world using cytochrome-b region. blood samples were collected from 30 kurdish horses and total dna was extracted by modified salting out method. cytochrome-b sequences were amplified by primers pairs with 1029 bp length and then were sequenced after purifying. the sequences were trimmed to 882 bp using bioedit software. the samples were aligned with the horse reference sequence with access number (x79547) using clustal-w package. haplotype and polymorphic site numbers, haplotype and nucleotide diversity were estimated using dnasp4 software. phylogenetic tree was constructed in mega7 software by neighbor joining method. 7 haplotypes with 7 polymorphic site were identified. whole haplotypes were belonged to k haplogroup. haplotype and nucleotide diversities were 0.784±0.001 and 0.00218±0.001, respectively. the compositional frequency of consensus sequences was including: a base, 21.27%; c base, 32.77%; g base, 13.15% and t base, 26.87%. according to the phylogenetic analysis, kurdish horses were genetically more closely related to japanese and chinese breeds and one polish and saudi arabian breeds which shows that kurdish horse has genetic similarities with asian and some european horse breeds.