مطالعه پویش ژنومی و آنالیز مسیرهای زیستی برای شناسایی ژن‌های موثر بر رنگ پوشش در ‏گوسفندان لری-بختیاری

رنگ پوشش، یکی از صفات مهم اقتصادی در گوسفند بوده و همچنین می‌تواند در شناسایی و تعیین خصوصیات نژادی مورد استفاده قرار گیرد. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم و آنالیز مسیرهای زیستی بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه ها و ژن‌های مرتبط با صفت رنگ پوشش گوسفندان لری-بختیاری بوده است. پویش کل ژنوم بر اساس روش مورد-شاهدی در برنامه plink نسخه 1.90 انجام شد. آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه r نسخه 6.1/3 با هدف شناسایی سطوح عملکردی و مسیرهای زیستی ژن‌های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای آنالیز بیوانفورماتیکی از پایگاه های برخط go، metacyc، kegg، reactome و panther استفاده گردید. در این پژوهش نشانگر تک نوکلئوتیدی معنی دار روی کروموزوم های 1، 2، 6، 9، 10 و 16 شناسایی شدند که با ژن‌های ednrb، pdgfra، tcf25 و tyrp1 مرتبط بودند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 5 مسیر هستی شناسی ژنی با صفت رنگ پوشش مرتبط بودند (0.05p<). از این بین، مسیرهای regulation of protein tyrosine kinase activity، regulation of protein kinase a signaling وactivation of protein kinase activity نقش مهمی در رشد و توسعه ملانوسیت ها و تنظیم رنگدانه ها در بدن داشتند. با توجه به تایید ارتباط برخی از مناطق ژنومی شناسایی شده در تحقیق حاضر با رنگ پوشش در گوسفند و بعضی گونه های دیگر و همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، ژن‌های شناسایی شده در این مطالعه می توانند به عنوان ژن‌های کاندیدا برای مطالعات تکمیلی و نهایتا در انتخاب ژنتیکی رنگ پوشش در گوسفند مورد استفاده قرار گیرد.

genome-wide association study and pathway analysis for identifying the genes ‎associated with coat color in lori-bakhtiari sheep breed

coat color is one of the important economic traits in sheep and it can be used for breed identification and characterization as well. the aim of the present study was to perform genome wide association study (gwas) and pathway analysis based on gene set enrichment analysis for identifying the loci associated with coat color in lori-bakhtiari sheep breed. the gwas was carried out using plink v. 1.90. the gene enrichment analysis was performed by goseq r package in r v.3.6.1 with the aim of identifying functional clusters and biological pathways of the genes in selected candidate regions and finally, for bioinformatics analysis we used online databases and softwares of go, metacyc, keeg, reactome and panther. in this study significant snp markers were identified on chromosomes 1, 2, 6, 9, 10, and 16 that overlapped with ednrb, pdgfra, tcf25, and tyrp1 genes. according to pathway analysis, four go pathways were associated with the coat color trait (p˂0.05). among these pathways, regulation of protein tyrosine kinase activity, regulation of protein kinase a signaling and activation of protein kinase activity biological pathways, were previously reported to have an important role on the melanocyte development and coat pigmentation. considering that the genomic regions identified in the current study have been confirmed to be associated with coat color in sheep and other species in previous reports, as well as the identification of some novel putative regions, the identified candidate genes in our study could be further studied and eventually used in genetic selection for coat color in sheep.