کاوش ژنومی نشانه‌های انتخاب در نژادهای گاو بومی (سرابی، نجدی و تالشی) و هلشتاین با استفاده از ‏روش ‏hapflk

به منظور شناسایی نشانه های انتخاب بین گاوهای نژادهای بومی با نژاد هلشتاین از اطلاعات ژنومی 153 راس گاو بومی (شامل 63 راس سرابی، 44 راس نجدی و 46 راس تالشی) و 60 راس گاو هلشتاین با در نظر گرفتن 46 راس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهی استفاده شد. جهت تعیین ژنوتیپ نمونه ها از تراشه های illumina bead chip 40k (برای نژادهای بومی) وillumina bead chip 770k (برای نژاد هلشتاین و برهمن) استفاده شده بود. اطلاعات ژنومی نژادهای خارجی از پایگاه داده widde استخراج گردید. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، برای شناسایی نشانه های انتخاب از روش آماری hapflk با نرم افزار hapflk v1.4 استفاده شد و با در نظر گرفتن 1/0درصد بالای ارزش hapflk، نشانه های انتخاب روی کرموزوم 25 با استفاده از ابزار ensmble biomart شناسایی شدند که شامل 57 ژن بودند. سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی panther عملکرد بیولوژیکی کلی ژن ها بررسی شده و qtl های موجود در ناحیه مورد انتخاب با استفاده از پایگاه داده animalgenome استخراج شدند و ژن ها با تحقیقات دیگر نیز مقایسه شدند. نتایج حاصل نشان داد این ژن ها با مسیرهای بیولوژیکی مختلف مانند فعالیت وابسته به atp، اتصال، فعالیت کاتالیزوری، فعالیت آداپتور مولکولی، تنظیم کننده عملکرد مولکولی، فعالیت مبدل مولکولی، فعالیت تنظیم کننده رونویسی و فعالیت انتقالی در ارتباط بودند. qtl های گزارش شده در این نواحی نیز با صفات قد و ارتفاع جدوگاه، میزان شیر و محتویات شیر، میزان آهن عضلانی، صفات مربوط به وزن بدن و آسان زایی ارتباط داشتند.

genomic scan for selection signatures in native (sarabi, najdi and taleshi) and ‎holstein cattle breeds using hapflk method

in order to identify the signatures of selection in three iranian native cattle and holstein breeds, genomic information of 153 native cattle (including 63 sarabi, 44 najdi and 46 taleshi) and 60 holstein cattle and 46 brahma cattle (as an outgroup breed) were used. in order to determine the genotype of the samples, illumina bead chip 40k (for native breeds) and illumina bead chip 770k (for holstein and brahman breeds) were used. the genomic information of foreign breeds was extracted from the widde database. after the quality control of the data, hapflk statistical method with hapflk v1.4 software was used to identify selection signatures. considering the high hapflk value of 0.1%, selection signatures were identified using the ensmble biomart tool, which included 57 genes on chromosome 25. then, using the panther database, the general biological function of the genes was checked, and the qtls in the selected region were extracted using the animalgenome database, and the genes were compared with other researches.the results showed that these genes were associated with different biological pathways such as atp-dependent activity, binding, catalytic activity, molecular adapter activity, molecular function regulator, molecular transducer activity, transcription regulator activity and transporter activity.the qtls reported in these areas were also related to the traits of stature and withers hight, milk yield and contents, muscle iron content, body weight and calving ease traits.