مقایسه میزان هوموزیگوسیتی در جایگاه‌های snp و roh در گاوهای شیری پر ‌تولید و کم‌ تولید هلشتاین

افزایش هوموزیگوسیتی حاصل از آمیزش حیوانات خویشاوند، به عنوان یکی از چالش های فرا روی صنعت پرورش گاو شیری می باشد که توجه زیادی را به خود جلب کرده است. پژوهش حاضر به منظور بررسی هوموزیگوسیتی بر مبنای جایگاه های snp و roh در دام های پر تولید و کم تولید هلشتاین انجام شده است. در این مطالعه، برای تعیین حیوانات کاندیدا برای تعیین ژنوتیپ از دو رویکرد تابعیت تصادفی و شاخص شجره ای استفاده شد. برای این منظور، نمونه گیری از 150 راس گاو شیری (75 دام با ارزش اصلاحی بالا و 75 دام با ارزش اصلاحی پایین برای صفت تولید شیر) انجام شد. یک روش بهینه به منظور انتخاب حیوانات کاندیدا برای تعیین ژنوتیپ، از طریق تلفیق برآوردهای حاصل از تابعیت تصادفی و شاخص شجره ای ارائه گردید. ارزش های اصلاحی ژنومی برای دو گروه نشان داد که تاکید بر افزایش سطح تولید در دام های پر تولید، اثر منفی بر روی صفات مرتبط با باروری (0.55 = dpr) و طول عمر تولیدی (0.1=pl) داشته است. همچنین، میزان هوموزیگوسیتی بر مبنای roh دامنه ای از تغییرات را برای کروموزوم های مختلف در دام های با سطح تولید بالا و پایین نشان داد که ممکن است با تفاوت در سطح تولید این دو گروه و پراکنش غیر یکنواخت ژن های موثر بر میزان تولید بر روی کروموزوم های مختلف در ارتباط باشد.

Comparison of homozygosity in SNP and ROH sites in Holstein dairy cows with high ‎and low production levels

Increased homozygosity resulted from mating of relatives is considered as one of the challenges faced in dairy farming industry which has attracted the attentions. This research has been conducted to measure homozygosity based on SNP and ROH in high and lowproducing Holstein cows. In current research, both random regression and pedigree index approaches were used to obtain candidate animals for genotyping process. The samples were obtained from 150 Holstein dairy cows (75 by high and 75 by lowEBV for milk production). We proposed a suitable method, by integrating breeding value estimation calculated by random regression and pedigree index, to select the candidate animals for genotyping. The results showed that putting too much emphasis on production traits in highproducing dairy cows had negative impact on the traits associated with fertility (DPR = 0.55) and productive life (PL = 0.1). The calculated homozygosity based on ROH showed different amount of variation in different chromosomes in the cows with high and low production which may be related to uneven distribution of genes influencing production traits in different chromosomes.