برآورد اندازه موثر جمعیت گاومیش‌های آبی ایران با استفاده از اطلاعات ژنومی

به منظور تعیین اندازه موثر جمعیت های گاومیش ایران از 407 راس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونه گیری به‌عمل آمد. نمونه ها بعد از استخراج dna، با استفاده از آرایه های ژنومیکیaxiom buffalo genotyping 90k array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه موثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل حاضر با استفاده از نرم افزار (v2)neestimator و بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی، محاسبه گردید. نتایج به دست آمده برای نسل حاضر نشان می دهد که اندازه موثر جمعیت های آذری و خوزستانی نسبتاً بالا است و این جمعیت ها از لحاظ ژنتیکی در معرض انقراض قرار ندارند. ولی شیب بالای کاهش اندازه جمعیت برای این جمعیت ها نگران کننده است و بایستی جهت حفظ اندازه موثر جمعیت مطلوب و تنوع قابل قبول برای این جمعیت ها برنامه ریزی صورت گیرد. همچنین نتایج به‌دست‌آمده برای جمعیت مازندرانی نشان می دهد این جمعیت از لحاظ ژنتیکی در معرض انقراض قرار دارد. بنابراین بایستی اندازه موثر جمعیت به دقت کنترل گردد و نیز با اقتصادی‌کردن تولید و طراحی تلاقی های مناسب از افزایش هم‌خونی و انقراض ژنتیکی این جمعیت جلوگیری کرده و جمعیت را حفاظت ژنتیکی کرد.

Estimation of effective population size of Iranian water buffalo by genomic data

In order to estimate the effective population size (Ne) in Iranian water buffalo blood and hair samples of 407 individual from Azari (N=260), Khuzestani (N=120) and Mazandrani (N=27) buffalo populations were gathered. After DNA extaraction, the samples were genotyped using Axiom® Buffalo Genotyping 90K Array. The Ne was estimated from 700 to 4 generations ago and also for the present generation by linkage disequiblirum data and based on heterozygoteexcess method using NeEstimator (V2), respectively. Estimated Ne for Azari, Khuzestani and Mazandarani were calculated 1530, 1375 and 1141, respectively, for 700 generations ago. Ne for the present generation in Azeri, Khuzestani and Mazandarani were estimated 447, 226 and 35, respectively. The Ne for Azeri and Khuzestani were relatively high and these two populations were not endanger to extinction, but their Ne has been declined in the resent generations massively and it is necessary to care about the maintenance of Ne and relatively high diversity for these populations. However, the Mazandarani population is endangered because of low Ne and so it is necessary to carefully monitor their effective population size, improve the profitability of production and planning a suitable mating scheme to control inbreeding and genetically conserve this population.