|
|
|
|
بیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های Rna-Seq
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
سلیم پور مینا ,میرائی آشتیانی رضا ,بناءبازی محمدحسین
|
|
منبع
|
علوم دامي ايران - 1398 - دوره : 50 - شماره : 1 - صفحه:47 -55
|
|
|
|
|
چکیده
|
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونه ای از هریک از جمعیت های گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان یابی خوانش های کوتاه mrna تشکیل شد. این خوانش ها قبلاً با استفاده از فناوری توالی یابی نسل جدید به‌صورت داده های rnaseq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناخته‌شده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه بیان متفاوت داشتند (0.000015>p). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ensbtag00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژن های متفاوت بیان شده (ensbtag00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژن های متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر به ویژه مسیر های مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگ های خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیم های خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آن ها موجب شده اند.
|
|
کلیدواژه
|
ایمنی، ترانسکریپتوم، گاو، ماهیت ژن، Mrna
|
|
آدرس
|
دانشگاه تهران، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی, ایران, دانشگاه تهران، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات علوم دامی کشور, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Differential gene expression of two bovine Bos taurus (Holstein) and Bos indicus (Cholistani) subspecies using RNASeq data
|
|
|
|
|
Authors
|
Salimpour Mina ,Banabazi Mohammad Hossein ,Miraei-Ashtiani Seyed Reza
|
|
Abstract
|
The aim of this research was to study gene expression profiling and differential analysis between Bos taurus (Holstein) and Bos indicus (Cholistani) subspecies. The transcriptome was assembled through aligning and mapping the RNASeq reads that have already been sequenced by next generation sequencing technology. Among 24616 genes and 26717 transcripts, only 41 genes were differently expressed. The highest digital gene expression was measured for a mitochondrial gene (ENSBTAG00000043545), and was only expressed in the Cholistani population. One gene had two differentially expressed isoforms. Gene pathway analysis indicated that the differential expressed genes included in pathways, are particularly related to immunity, response to stress and angiogenesis. These pathways have probably resulted in adoption to various climatological conditions and perceptible phenotypes in the studied subspecies during their evolution.
|
|
Keywords
|
mRNA
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|