تخمین نرخ هم‌خونی با استفاده از رشته‌‌های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه موثر جمعیت در برخی از نژادهای اسب آسیایی

هدف از این تحقیق محاسبه هم خونی با استفاده از رشته های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه موثر جمعیت (ne) در برخی از نژادهای اسب آسیایی بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 99 نمونه حیوان شامل 19، 24، 18، 19 و 19 نمونه به ترتیب از نژادهای آخال تکه، عرب، کاسپین، مغولی و تروبرد استفاده شد که با به کارگیری آرایه های illumina snp50k beadchip تعیین ژنوتیپ شده اند. این تحقیق با همکاری کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (egdc) انجام شد. ضریب هم خونی با استفاده از روش froh بر پایه رشته های هموزیگوت ژنومی (roh) و اندازه موثر با به کارگیری اطلاعات عدم تعادل پیوستگی در طی 5 تا 1000 نسل قبل محاسبه شد. نتایج آنالیز مولفه های اصلی (pca) نشان داد که تمام نژادها با استفاده از دو مولفه اول از همدیگر مجزا می شوند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده در نژادهای مختلف به ترتیب در دامنه 0/278-0/294 و 0/308-0/278 بود. محاسبه ضریب همخونی بر پایه اطلاعات ژنومی نشان داد که مقادیر محاسبه شده بین 0.003 (نژاد مغولی) و 0.166 (نژاد تروبرد آمریکایی) در نوسان می باشد. نتایج حاصل از محاسبه اندازه موثر در نژادهای مختلف، نشان دهنده روند کاهش تدریجی ne در طی 1000 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 100 نسل قبل برای تمام نژادها بود. بیشترین ne در نسل های حاضر (5 نسل قبل) در نژاد عرب (53 راس) و کمترین در نژادهای کاسپین و تروبرد (33-34 راس) مشاهده شد. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که در بین نژادهای آسیایی، نژاد اسب کاسپین با وجود تنوع ژنتیکی مناسب و ضریب همخونی پایین، اندازه موثر آن نسبت به سایر نژادهای مورد مطالعه در این تحقیق کمتر می باشد که طراحی برنامه های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی کشور ضروری است.