تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی

با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (snp )، پیش بینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکان پذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)‌های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی می توان گروهی از حیوان‌ها را با تراشه های با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشه های کم تراکم تعیین نژادگان (ژنوتیپ) کرد، سپس آن‌ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تاثیر سه تراشۀ کم تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد‌شده به تراکم بالای 10k و رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت های تایید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزش های اصلاحی برآورد شده در تراشه های مختلف با استفاده از دادۀ همانند‌سازی شده، بررسی شد. برای ساختن تراشه های کم تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به‌صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرم افزار fimpute صورت گرفت. به‌طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزش های اصلاحی برآورد شده به‌دست‌آمده از تراشه های مختلف افزایش پیدا کرد. به‌گونه‌ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشۀ کم تراکم 4k و تراشۀ متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگان های تراشۀ 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابی های ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصلۀ جمعیت مرجع و جمعیت های تایید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.