تاثیر مستندسازی نژادگان و معماری‌های مختلف ژنگانی بر عملکرد روش‌های جنگل تصادفی و بیز آستانه‌ای a در پیش‌بینی ژنگانی

انتخاب ژنگانی (ژنومی) با بهره‌گیری از مستندسازی (ایمپیوتیشن) می‌تواند نقش مهمی در افزایش بهره‌وری اقتصادی و پیشرفت ژنتیکی صفات آستانه‌ای ایفا کند. هدف این تحقیق  بررسی درستی مستندسازی و تاثیر آن در سطح زیر منحنی مشخصۀ عملکرد (auroc) ارزیابی ژنگانی روش‌های بیز آستانه‌ای  a(tba) و جنگل تصادفی (rf) در ویژگی‌های آستانه‌ای با معماری‌های مختلف ژنگانی است. داده‌های ژنگانی برای سطوح متفاوت وراثت‌پذیری (0.1 و 0.3)، سطوح مختلف ld (0.135 و 0.295) و شمار متفاوت جایگاه های ویژگی‌های کمی (108 و 1080) روی کروموزم 27 کروموزم همانند‌سازی شدند. برای همانندسازی شرایط واقعی برای هر پیش‌فرض (سناریو)، از بین 54 هزار نشانگر همانندسازی‌شده به‌طور تصادفی اقدام به حذف 50 درصد و 90 درصد نشانگرها کرده و در مرحلۀ بعد با مستندسازی اقدام به پیش‌بینی نژادگان (ژنوتیپ) نشانگرها کرده و درستی مستندسازی ارزیابی شد. در گام آخر، نژادگان‌های اصلی و مستند‌شده با استفاده از روش‌ tba و rf برای ارزیابی auroc استفاده شدند. با افزایش سطح ld و کاهش میزان حذف نشانگرها، درستی مستندسازی بهبود یافت. میانگین auroc پیش‌فرض‌های همانندسازی‌شده برای جنگل تصادفی و tba به ترتیب 0.64 و 0.66 بود. استفاده از نژادگان‌های مستند‌شده با میزان حذف 50 درصد و 90 درصد، به ترتیب auroc را به میزان 0.013 و 0.02 برای rf و 0.018 و 0.026 برای tba کاهش داد. به‌رغم auroc بالای روش‌ بیز آستانه‌ای a در پیش‌فرض‌های مختلف، روش جنگل تصادفی عملکرد بهتری در شمار بالای qtl نشان داد. به‌طورکلی استفاده از نژادگان‌های مستند‌شده (k5) می‌تواند راهکار مهمی برای کاهش هزینه‌های ارزیابی ژنگانی باشد.