مقایسه روش‌های pca و dapc در تجزیه‌وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران با تراشه‌های اسنیپ 90k

اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام‌ها در راستای اجرای بهتر برنامه های اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن‌ها بسیار ارزشمند است. داده‌های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچه تکاملی جمعیت ها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم می آورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران روش‌های تجزیه‌وتحلیل مولفه‌های اصلی (pca) و تجزیه‌وتحلیل جداسازی مولفه‌های اصلی (dapc) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خون‌گیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشه‌های اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج به‌دست‌آمده از تجزیه مولفه های اصلی و تجزیه جداسازی مولفه های اصلی، جداسازی سه نژاد را به‌خوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیت‌های مورد بررسی را نشان دادند. در روش dapc، برای ارزیابی شمار بهینه خوشه با معیار ارزیابی bic، k=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگه‌داشتن شمار مولفه اصلی بهینه برای تجزیه‌وتحلیل تشخیصی، 50 مولفه اول mse کمتری نسبت به مولفه های دیگر داشت. در این بررسی روش dapc احتمال‌ عضویت افراد جمعیت‌ها را با درستی 100 درصد پیش‌بینی کرد ولی روش pca قادر به ارزیابی گروه‌ها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیت‌ها dapc مناسب‌تر از pca عمل می کند. روش dapc در بررسی ساختار جمعیتی  نسبت به روش pca به دلیل افزایش واریانس بین گروه ها و کاهش واریانس درون گروه ها و همچنین ارائه تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و می تواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایه‌بندی جمعیتی در بررسی‌های ارتباطی جایگزینی برای pca باشد.