ردیابی و معرفی نشانگرهای ریزماهواره در گیاه شاهدانه با کاوش در ترنسکریپتوم

گیاه شاهدانه یکی از مهم‌ترین گیاهان ازنظر اقتصادی برای تولید دارو، غذا، فیبر و روغن است. بااین‌حال نبود نشانگرهای کافی و موثر ریزماهواره، گسترش بررسی‌های ژنتیکی این گیاه را محدود کرده است. در این پژوهش داده‌های ترنسکریپتوم برای شناسایی و معرفی ریزماهواره ها به‌منظور بررسی تنوع ژنتیکی و تفکیک رقم‌ها و جمعیت های فیبری و دارویی استفاده شد. بر پایۀ این داده‌ها 3388 مکان ریزماهواره از 1402 توالی در رقم فیبری و 10381 مکان از 4743 توالی در رقم دارویی شناسایی شد. در میان این نشانگرها موتیف‌های سه نوکلئوتیدی و پس از آن تک و دو نوکلئوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. آغازگرهای مناسب برای افزونش 234 ریزماهواره از 152 توالی منحصر در رقم فیبری و 1543 ریزماهواره از 1372 توالی مختص در رقم دارویی طراحی شدند. این بررسی نخستین ارزیابی در مقیاس گسترده برای شناسایی نشانگرهای ریزماهواره از توالی های ترنسکریپتوم در گیاه شاهدانه است. تاثیر این نشانگرهای مولکولی می تواند با استفاده از جمعیت های موجود در ایران آزمون و ارزیابی شده و کارایی آن ها در اصلاح این جمعیت ها بررسی شود.