مقایسه فیلوژنتیکی جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک با جدایه‌های دنیا بر اساس ترادف ژن پروتئین پوششی و ژن پروتئین حرکتی

ویروس خراشک حلقوی میخک (carnation etched ring virus, cerv)، عضو جنس caulimovirus و خانوادة caulimoviridae است. این ویروس به عنوان دومین ویروس میخک از نظر پراکنش در دنیا و تنها ویروس dna دار گزارش شده از آن می‌باشد. بوته‌های آلوده به این ویروس از گلخانه چناران جمع‌آوری و با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای نواحی حفاظت شده از ژن پروتئین ‌پوششی و ژن پروتئین‌حرکتی ویروس، به ترتیب قطعاتی در اندازه تقریبی1500 و 1000جفت ‌باز تکثیر گردید. این جدایه به همراه دو جدایه موجود از این ویروس (هند و هلند) و نیز تعدادی از دیگر ترادف‌های کائولیموویروس‌ها در بانک ژن مقایسه و پس از همردیف‌سازی چند‌گانه درخت فیلوژنتیکی آن‌ها برای ژن پروتئین‌ پوششی و ژن پروتئین‌حرکتی cerv با روش neighbor joining و با استفاده از نرم افزار dnaman و mega5 ترسیم گردید. این آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که در مورد ژن پروتئین‌پوششی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی به ترتیب با جدایه هلند 9/98 و 3/99 درصد و با جدایه هند به ترتیب 3/98 و 6/98 درصد می‌باشد. هم‌چنین در مورد ژن پروتئین‌حرکتی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی با جدایه هلند به ترتیب 7/97 و 6/99 درصد و با جدایه هند به ترتیب 1/96 و 9/98 درصد نشان داده ‌شد. این اولین گزارش از مطالعات مولکولی درباره ویروس خراشک حلقوی میخک در ایران است.