افتراق عوامل درماتوفیتوزیس در انسان (ترایکوفایتون روبروم و ترایکوفایتون اینتردیجیتال) به‌وسیله واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز دوگانه

زمینه و هدف: دو گونه ی ترایکوفایتون روبروم و ترایکوفایتون اینتردیجیتال عامل بیش از 80% انواع درماتوفیتوزیس می باشند. تاکنون روش های مورفولوژیک و فیزیولوژیک مختلفی جهت افتراق این دوگونه ی بسیار مشابه استفاده شده است، اما این روش ها کمابیش زمان بر بوده و از ویژگی پایینی برخوردارند. هدف این مطالعه، معرفی یک واکنش زنجیره ای پلی مراز دوگانه ساده و سریع برای افتراق این دو گونه از یکدیگر می باشد.روش بررسی: این پژوهش، یک مطالعه تحلیلی و تجربی است که بین سال های 1394 تا 1395 در آزمایشگاه قارچ شناسی پزشکی دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی تهران انجام شد. بدین منظور توالی نوکلئوتیدی 4 ناحیه ژنی internal transcribed spacer (its)، بتا توبولین، الانگیشن فاکتور یک آلفا و کالمودولین در دو گونه قارچ مدنظر، مورد آنالیز بیوانفورماتیک قرار گرفت و تفاوت ها و تشابه های نوکلئوتیدها بین دو گونه در هر کدام از ژن های یادشده، برای انتخاب پرایمر بررسی گردید. ویژگی پرایمرهای انتخابی جهت انجام واکنش زنجیره ای پلی مراز دوگانه (duplex pcr) در مقابل ایزوله های تعیین توالی شده ی گونه های درماتوفیتی آزمایش گردید.یافته ها: با توجه به مجموع داده ها، پرایمرهای اختصاصی از ژن الانگیشن فاکتور یک آلفا انتخاب گردید. این پرایمرها محصولی با 173 و384 جفت باز به ترتیب در گونه های ترایکوفایتون روبروم و اینتردیجیتال تولید نمود و در مواجهه با گونه های درماتوفیتی مختلف از اختصاصیت بالایی برخوردار بودند.نتیجه گیری: واکنش زنجیره ای پلی مراز دوگانه راه اندازی شده یک روش افتراقی اختصاصی و سریع نسبت به روش های متداول جهت شناسایی دو گونه ترایکوفایتون روبروم و ترایکوفایتون اینتردیجیتال از یکدیگر می باشد.

Differentiating agents of dermatophytosis (Trichophyton mentagrophytes and Trichophyton interdigitale) in human by dual polymerase chain reaction

Background: Dermatophytes create the most common fungal disease in humans, called dermatophytosis. The two species of Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigital are responsible for over 80% of types of dermatophytosis. So far, several morphological and physiological methods have been used to differentiate these very similar species, but these methods are generally timeconsuming and have low specificity. The purpose of this study was to introduce a simple and rapid duplex polymerase chain reaction (PCR) reaction to differentiate these two species from each other.Methods: This research was an analytical and experimental study that was carried out from 2017 to 2018 in the Medical Mycology Laboratory, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Iran. For this purpose, the nucleotide sequences of the 4 regions of internal transcribed spacer (ITS), betatubulin, elongation factor 1 alpha and calmodulin in the two considered species of fungi were conducted bioinformatics analysis. The differences and similarities of nucleotides between two species in each of these genes were studied for selecting the primer. The specificity of selected primers was tested for duplex PCR reaction against sequenced isolates of dermatophyte species.Results: According to the total data, the specific primers were selected from elongation factor 1 alpha gene. These primers produced a product of 173 and 384 bp, in Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigital, respectively. They had high specificity in the face of various dermatophytes. The length of nucleotide sequences found in the genebank of this gene in the two species is between 700 and 770 bp. The similarity of the two species in this region is 94.6% and differs by 78 bp. Of the 107 extracted DNAs from clinical dermatophyte isolates, in duplex PCR 24 isolates were positive with Trichophyton interdigital primer and 71 isolates against Trichophyton rubrum. The remaining isolates, which included 6, were negative in this reaction, which included other dermatophyte species.Conclusion: This method is a specific and fast differential method compared to conventional methods for identifying Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigital from each other.