پلی مورفیسم ژنومی انتروکوکوس فکالیس جدا شده از موارد بالینی با استفاده از دو روش های eric-pcr و box-pcr

زمینه: ژنوم انتروکوکوس تعداد زیادی توالی تکراری دارد که به طور تصادفی در طول dna پراکنده شده اند. در eric-pcr برای هر سویه یک الگوی مجزا به دست می آید و یک تایپ جداگانه در نظر گرفته می شود. ژنوم پروکاریوتی و یوکاریوتی شامل توالی های تکراری است که نسبتاً کوتاه و غیر کد دهنده هستند. آغازگرهای box-pcr و eric-pcr مکمل این توالی های تکراری هستند و اجازه می دهد تا اتصال اختصاصی انجام گردد و الگوهای منحصر به فرد اثر انگشتی box-pcr و eric-pcr با قابلیت تولید مجدد فراهم شود. روش کار: در این مطالعه مقطعی-توصیفی، بر اساس مطالعات قبلی و سطح اطمینان 95% با استفاده از فرمولn= z2p(1-p)/d2 و خطای قابل قبول 0.05، تعداد 60 سویه انتروکوک فکالیس از نمونه های بالینی جمع آوری و در شرایط استریل بر روی محیط kfآگار کشت و مدت 24 ساعت در حرارت 37 درجه سانتی گراد گرم خانه گذاری و به وسیله تست های بیوشیمیایی نمونه های انتروکوک فکالیس تعیین هویت شدند. dna نمونه ها استخراج و آزمایش box-pcr وeric-pcr صورت گرفت. یافته ها: نتایج آزمون box-pcr و آنالیز دندوگرام نشان داد که، تمامی سویه ها در سطح تشابه 58 درصد به 25 کلاستر مجزا قابل تمایز بودند. هم چنین نتایج آزمون eric-pcr نشان داد که تمامی سویه ها در سطح تشابه 58 درصد به 15 کلاستر مجزا تفکیک شدند. نتیجه گیری: انگشت نگاری مولکولی توسط روش box-pcr دارای قدرت تفریق و تمایز بسیار مناسب تری نسبت به eric-pcr، جهت تایپینگ جدایه های باکتری ها می باشد و دارای کاربرد فراوان در مطالعات اپیدمیولوژی و ردیابی منبع عفونت و تاکسونومی هستند.

Genomic polymorphism of enterococcus faecalis isolated from clinical cases using two methods of ERIC-PCR and BOX-PCR

Background: The genome of Enterococcus has a large number of repetitive sequences that are randomly distributed over DNA. In ERIC-PCR, a separate pattern is obtained for each strain and is considered a separate type. Prokaryotic and eukaryotic genomes include dispersed repeat sequences that are relatively short noncoding, and dispersed in the bacterial genome. BOX-PCR and ERIC-PCR primers are complementary to these repeat sequences and allow for dedicated binding and unique BOX-PCR fingerprint patterns and ERIC-PCR with reproducibility capability. Methods: In this crosssectional descriptive study, based on previous studies and 95% confidence level using the formula n = z2P (1P)/d2 and acceptable error 0.05, total of 60 Enterococcal Faecalis strains were cultured from sterile specimens on KF agar medium and incubated at 37°C for 24h and were identified by biochemical tests of suspected Enterococcal Faecalis. DNA samples were extracted and BOX-PCR and ERIC-PCR tests were performed. Results: All strains were distinguished in 25 distinct clusters at the level of similarity of 58%. Also, by analyzing the ERIC-PCR results, all strains were segregated into 15 separate clusters at a similar level of 58%. Conclusion: Molecular fingerprinting with BOX-PCR has a better subtraction and differentiation than ERIC-PCR for typing bacterial isolates and is widely used in epidemiological studies and trace source of infection and taxonomy.