بررسی بیوانفورماتیکی ازجمله داکینگ مولکولی و غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار بر روی ریزمولکولها با منشا گیاهی برای درمان بیماری کووید- 19

زمینه و هدف امروزه با وجود تحقیقات بسیاری که د رمورد ویروس کرونا صورت گرفته است، اما هنوز هم شاهد نرخ مر گ ومیر بالای اینبیماری هستی؛ که باعث شده است محققان تمرکز بیشتری روی شناسایی داروهای ضد ویروسی کارآمد از بین داروهای موجود داشته باشند. در این میان، استفاده از ری زمولکول هایی با منشا گیاهی به دلیل ایمنی بالات ر، سمیت کمتر و مقرو نب هصرفه بودن مورد توجه قرارگرفته است. ما در این مطالعه با استفاده ازداکینگ مولکولی، به شناسایی بازدارند ههای پروتئین 3cl protease و ace-2 به دلیل اهمیت آنها در بیماری زایی ویروس کرونا پرداخته ایم.روش بررسی بدین منظور، 1600 ترکیب با منشا طبیعی با استفاده از یک غربالگری مجازی بررسی گرفتند. در این روش لیگاندهایی با تمایل بالا نسبت به رزیدوهای جایگاه فعال پروتئین های هدف با استفاده از گلاید داکینگ شناسایی شدند تا برای محاسبات بیشترب راساس روش القای قالب با استفاده از نر مافزار شرودینگر مورد تجزیه وتحلیل قرار بگیرند.یافته ها نشان می دهند ترکیبات ب هدس تآمده ازجمله delphinidin و theaflavin با دارا بودن میل اتصال بالا به گیرند ه های مذکور می توانند در مهار ویروس کرونا موثر باشند. همچنین ترکیبات معرفی شده در مقایسه با داروهای شناخت هشده نظیر کلروکوئین،دارای انرژی اتصال بهتر و اثر مها رکنندگی قاب لتوجهی هستند.نتیجه گیری داد ه های ارائه شده در این مقاله م یتوانند برای پیشرفت بیشتر در کشف دارو یا فرمولاسیون های جدید برای مقابله با ویروس کرونا کم کننده باشند، اما به آزما ش های بالینی نیاز است تا پتانسیل مولکول های کوچک موردنظر را به تنهایی یا به صورت ترکیبی برای کاربردهای پزشکی بررسی کند

in silico structural-based virtual screening and molecular docking analysisof plant-derived small molecules for treatment of covid-19

background and objectives despite many studies on the new coronavirus disease 2019 (covid-19),there is still a rate of disease mortality, which has made researchers to focus more on finding successfulantiviral drugs. in this regard, small molecule inhibitors have been suggested for their higher safety,lower toxicity, and cost-effectiveness. in this study, we applied virtual screening and docking analysis toidentify the prospective inhibitors of 3cl protease and ace-2 receptorssubjects and methods in this study, 1,600 natural compounds were assessed by virtual screening. theligands with a high affinity to bind to active site residues of target proteins were identified using theglide docking method and then were included in the induced-fit docking analysis in schrödinger-maestrosoftware.results the found compounds such as theaflavin and delphinidin had a high affinity to bind to the receptors.they had higher binding energy and a potent inhibitory effect compared to common drugs such aschloroquine.conclusion the introduced natural compounds can be used to suppress covid-19. the results may helpdevelop new drugs or formulations to combat covid-19; however, clinical trials are needed to examinethe potential of these small molecules alone or in combination with other medical procedures.