اربرد بیوانفورماتیک و مهندسی ژن جهت طراحی کلون بهینه، برای افزایش تولید پروتیین فعال کننده‌ی نوتروفیل هلیکوباکترپیلوری در اشریشیا کلی

زمینه و هدف: پروتیین فعال کننده‌ی نوتروفیل درهلیکوباکترپیلوری (hp-nap) از مهم‌ترین فاکتورهای بیماری‌زای این باکتری است که از اهمیت به‌سزایی در ایجاد ایمنی حفاظتی برعلیه این پاتوژن برخوردار است. این آنتی ژن کاندیدای بسیار مطرحی به‌عنوان بخشی از واکسن‌های چند قسمتی برعلیه این باکتری در مطالعات کلینیکی می‌باشد. به‌دلیل اهمیت پروتیین hp-nap، در این مطالعه از آن به‌عنوان الگویی برای بهینه کردن ژن‌های هترولوگ که محتوای تیمین و آدنین بالا و میزان بیان پایینی در باکتری اشریشیاکلی دارند، استفاده شد.روش بررسی: با کاربرد علوم بیوانفورماتیک ژن کد کننده‌ی این پروتیین برای بیان حداکثری در میزبان مربوطه بهینه و سپس ساخته شد. یافته‌ها: در بهینه کردن ژن hp-nap عوامل مختلفی تغییر داده شد. کدن‌ها به کدن‌های رایج در باکتری اشریشیا کلی تغییر کرد، محتوای g+c از38 درصد به 45 درصد افزایش یافت و ساختارهای فضایی نامناسب در ساختمان دوم mrna شکسته شد، این تغییرات منجر به طولانی شدن نیمه عمر mrna و افزایش قابل ملاحظه‌ی بیان پروتیین نوترکیب hp-nap به‌میزان حداقل 800 میلی‌گرم در لیتر گردید. نتیجه‌گیری: کاربرد ابزار بیوانفورماتیک در افزایش و بهینه‌سازی بیان پروتیین hp-napدر باکتری اشریشیا کلی موفق بود. با توجه به نتایج این مطالعه به نظر می‌رسد کاربرد این ابزارها روشی منطقی در بهینه کردن ژن‌هایی با منشا متفاوت جهت بیان در میزبان‌های بیانی دیگر باشد. واژگان کلیدی: هلیکوباکترپیلوری، بیوانفورماتیک، بهینه‌سازی، پروتیین نوترکیب فعال کننده نوتروفیل، کلونوبیان