بهینه کردن کیفی و کمی محصول واکنش زنجیره ای پلیمراز ژن foxe1 به عنوان ژنی غنی از gc

مقدمه: تقریباً 3 درصد از ژنوم انسان غنی از gc است. این نواحی اغلب در پروموتر ژن‌ها، به ویژه ژن‌های خانه‌دار و ژن‌های سرکوب‌گر تومور یافت می‌شوند. تکثیر این مناطق غنی از gc می‌تواند چالش برانگیز باشد. زیرا پایداری توالی dna غنی از gc بیشتر بوده، همچنین ساختارهای ثانویه به آسانی در این مناطق تشکیل می‌شوند. ژن foxe1 به خانواده بزرگی از فاکتورهای رونویسی تعلق دارد که برای مورفوژنز غده‌ی تیروئید ضروری می‌باشد و به‌عنوان فاکتور مستعد‌کننده در سرطان تیروئید غیر مدولاری نوع 4 معرفی شده است.روش‌ها: مطالعه‌ی حاضر از نوع تجربی است که به نحوه‌ی تکثیر قسمتی از توالی ژن foxe1 با درصد بالای gc که با واکنش زنجیره‌ای پلیمراز معمولی قابل انجام نمی‌باشد پرداخته است.یافته‌ها: نتایج این مطالعه نشان داد، استفاده از مواد تقویت‌کننده‌ی تکثیر مناطق غنی از gc، نظیر بتائین ودی متیل سولفوکسید (dmso) به همراه واکنش زنجیره‌ای پلیمراز از نوع touchdown در تکثیر توالی این ناحیه از ژن foxe1 با تخریب ساختارهای ثانویه تشکیل شده در توالی و افزایش محصول واکنش موثر می‌باشد.نتیجه‌گیری: این روش می‌تواند برای تکثیر نواحی غنی از gc در ژن‌های دیگر، که درصد مشابهی از gc با ژن foxe1 دارند به‌کار گرفته شود.

qualitative and quantitative optimization of foxe1 gene polymerase chain reaction product as a gc-rich gene

background: approximately 3% of the human genome is rich in gcs. these regions are often found in the promoter of genes, especially housekeeping genes and tumor suppressor genes. amplification of these gc-rich regions can be challenging. because the stability of gc-rich dna sequences is higher, secondary structures are easily formed in these regions. type 4 non-medullary thyroid carcinoma has been linked to the foxe1 gene as a risk factor. foxe1 belongs to a large family of transcription factors principal for the development of the thyroid gland’s morphology.methods: with a high proportion of gc, a portion of the foxe1 gene sequence cannot be amplified using the usual polymerase chain reaction. this work is an experimental study that deals with this issue.findings: the results of the present study showed that the touchdown polymerase chain reaction, in combination with co-amplification materials such as betaine and dimethyl sulfoxide (dmso), is effective in amplifying the sequence of this region of the foxe1 gene by destruction of the secondary structures formed in the sequence and increasing the reaction product.conclusion: using this method, gc-rich regions in additional genes with a similar degree of gc as the foxe1 gene can be amplified.