شناسایی و فراوانی گونه‌‌های کاندیدا در بیماران مبتلا به اشکال مختلف کاندیدیازیس در شهر اصفهان با استفاده از روش pcrrflp

مقدمه: کاندیدیازیس بیماری قارچی شایعی است که توسط گونه‌‌های مختلف جنس کاندیدا ایجاد می‌شود. از آنجایی که روش‌های سنتی برای شناسایی این مخمر‌ها وقت‌گیر و در مواردی ناموفق است، تکنیک‌‌های جدید مولکولی مبتنی بر تفاوت‌های dna رویکردی مفیدتر و دقیق‌تر است. هدف از مطالعه‌ی حاضر شناسایی گونه‌‌های رایج عامل ایجادکننده‌ی این بیماری و بررسی شیوع آن‌ها در شهر اصفهان با استفاده از روش pcr-rflp بود.روش‌ها: dnaی ژنومی‌‌ مخمر از کشت تازه و با استفاده از فیلتر‌های fta استخراج و ناحیه‌ی its1-its2 با روش pcr تکثیر و با استفاده از آنزیم محدودالاثر mspi برش داده شد. محصولات rflp روی ژل آگارز الکتروفورز گردید و گونه‌ی مخمر بر حسب تفاوت الگوی باند‌‌های به دست آمده شناسایی شد.یافته‌ها: 182 جدایه از نقاط مختلف بدن مورد بررسی قرار گرفت. 86 جدایه (2/47 درصد) به عنوان کاندیدا آلبیکنس، 31 جدایه (17 درصد) کاندیدا پاراپسیلوزیس، 19 جدایه (4/10 درصد) کاندیدای کفیر (سدوتروپیکالیس)، 15 جدایه (2/8 درصد) کاندیدا تروپیکالیس، 14 جدایه (7/7 درصد) کاندیدا گلابراتا، 14 جدایه (7/7 درصد) کاندیدا کروزه‌ای و 3 جدایه (6/1 درصد) کاندیدا گیلیرموندی شناسایی شدند. در مجموع 2/47 درصد گونه‌‌های آلبیکنس و 8/52 درصد گونه‌‌ها غیر آلبیکنس بودند. نتیجه‌گیری: افزایش گونه‌‌های غیر آلبیکنسی به دلیل مقاومت‌‌های دارویی بیش‌تر آن‌ها به دارو‌های ضد قارچی نسبت به گونه‌ی آلبیکنس از موضوعات مهم عفونت‌های قارچی است که بیانگر ضرورت بررسی‌‌های دقیق‌تر اپیدمیولوژیک است. این مطالعه می‌تواند راه‌گشای محققان برای مطالعات کاربردی‌تر باشد.

Identification and Frequency of Candida Species in Patients with Different Forms of Candidiasis in Isfahan, Using PCRRFLP Method

<ul><li><div class=abs><strong>Background:</strong> Utilizing an intact RNA is essential while performing molecular genetics methods like microarray and quantitative <a href=http://en.wikipedia.org/wiki/Realtime_polymerase_chain_reaction>Realtime polymerase chain reaction </a>(RTPCR). Using RNA with poor quality may affect the results of downstream manipulations. Our aim in the current study was to compare and optimize various procedures for RNA extraction by using different kits and DNase treatment to find a standard method for RNA extraction from human frozen tissues.</div></li><li><div class=abs><strong>Methods</strong><strong>: </strong>Using Cinnagen RNX plus solution, Qiagen RNeasy Mini Kit and Qiagen RNeasy Plus Mini Kit, total RNA was extracted from human frozen tissues comprising stomach (#40), glioma (#5) and breast (#15). For genomic DNA elimination, extracted RNA was treated with DNase enzyme. After RNA extraction, its quantity and quality was assessed by spectrophotometry and gel electrophoresis. After cDNA synthesis, RTPCR technique by specific primers designed for <em>TBP</em> gene was performed and results were assessed by agarose gel electrophoresis.</div></li><li><strong>Finding: </strong>Extracted RNA by Cinnagen RNX plus solution did not show good results in RTPCR after DNase treatment. Extracted RNAs by Qiagen RNeasy Mini Kit and Qiagen RNeasy Plus Mini Kit were of high quality for RTPCR reaction because of using DNase treatment during the extraction procedure and an additional genomic DNA elimination column respectively.<strong></strong></li><li><strong>Conclusion: </strong>Combining Qiagen RNeasy Mini Kit, Qiazol solution and DNase treatment during the extraction procedure is the most suitable method for RNA extraction from human frozen tissues and the extracted RNA can be used with assurance in downstream molecular techniques.</li></ul>