بررسی کموانفورماتیکی و اندازه گیری فعالیت آزمایشگاهی لیگاندهای ممانعت کننده آنزیم سیکلواکسیژناز دو Cox2 انسانی

مقدمه: مهار کننده های انتخابی آنزیم سیکلو اکسیژناز دو، نظیر سلوکو کسیب، روفوکوکسیب و والدوکسیب اخیراً به عنوان کاهنده های پاسخ های التهابی به کار می روند، با وجود این هنوز به مطالعات و تحقیقات بیشتری در زمینه مهار کننده های انتخابی cox2 نیاز است. این مطالعه در راستای معرفی ساختار های جدید با میل تر کیبی بیشتر به آنزیم cox2 می باشد.مواد و روش ها: سا ختار های شیمیا یی با 80 درصد شباهت به سلو کو کسیب، از pubchem در پایگاه اطلاعا تی ncbi استخراج و جمع آوری شد. فایل pdb آنزیم cox2 (6cox) را د ر حا لت پیوند با لیگا ند sc558 به عنوان لیگاند مرجع، از سایت rcsb pdb به دست آمد. د اکینگ لیگا ند ها به جایگاه اتصال sc558 را با استفاد ه از نرم افزار flexx, lead it اجرا شد و انرژی میان کنش های بین ترکیبات مختلف به دست آمد. مقدار ic50 ترکیبات مورد نظر با استفاده از روش غربالگری آزمایشگاهی، بر علیه آنزیم cox2 تعیین شد. سرانجام با استفاده از روش سنجش mtt ، میزان سمیت سلولی ترکیبات مورد نظر تعیین شد.یافته های پژوهش: نتیجه غربالگری در پایگاه داده pubchem، 5000 مولکول مشابه سلوکوکسیب بود. 24 تا از ترکیبات امتیاز های انرژی بهتری نسبت به 6cox باند شده با sc558 داشتند. لیگاند ها به پاکت پیو ند ی داک شد ند که با سرین 353، آلانین 527، وا لین 523، متیونین 522، فنیل آلانین 518 و لوسین 352 میان کنش نشان د اد ند. با بررسی چشمی، ترکیبات جهتگیری و حالت پیوندی مشابه با sc558 نشان داد ند. بحث و نتیجه گیری: یافته های ما، رویه محاسباتی کشف ترکیبات جدید ضدالتهابی با فعالیت بیشتر و سمیت کمتر نسبت به مهارکننده های عمومی cox2 را قوت بخشید.

Chemo-Informatics Evaluation and Invitro Bioactivity Mesurment of Human Cox2 Enzyme Inhibitors Ligands

Introduction: Cox2 selective inhibitors such as celecoxib, rofecoxib and valdecoxib are recently used to reduce inflammatory response. There is still a need to develop more potent Cox2 inhibitors. This study was conducted to introduce new structures with more affinity to Cox2 enzyme. Materials methods: Chemical structures with 80% similarity to celecoxib was collected by using PubChem at NCBI database. The PDB file of Cox2 enzyme (6COX) obtained from RCSB PDB website in bounding with ligand SC558 as reference ligand. Docking of ligands to SC558 site of Cox2 performed with lead IT software (version 2.1.0 BioSolveIT, GmbH, Germany) and the interaction energy of different compounds was obtained. IC50 value of selected compounds identified by using in vitro screening against Cox2 enzyme. The cytotoxicity assay was performed by using MTT method. Findings: Screening results in PubChem database was 5000 molecules similar to celecoxib. 24 compounds had better energy scores than 6COX bound cocrystallized ligand SC558.The ligands were docked with the binding pocket that they showed interaction with Leu352, Phe518,Met522, Val523, Ala527 and Ser353. By visual inspection, compounds showed orientation and hybrid mode similar to SC558. Discussion Conclusion: our findings strengthened the computational procedure the discovery of new compounds with antiinflammatory activity and less toxicity than Cox2 general inhibitors.