خوشه بندی بیانی پروتیین های سرطان دهانه رحم

چکیدهمقدمه: سرطان دهانه رحم، دومین سرطان مرگ بار بین زنان در کشورهای در حال توسعه و هفتمین در کشورهای پیشرفته است. غربالگری در سرطان گردن رحم برای پیدا کردن ژن ها و پروتیین هایی که نقش بیومارکر تشخیصی و درمانی بازی کند در حال پیشرفت است از طرفی مکانیسم ملکولی تومورزایی وابسته به دسته های پروتیینی است که در حالت بیماری تغییر می نماید بنا بر این کشف این گروه های پروتیینی امری ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه به بررسی پروتیوم سلول های بافت سرطان سرویکس و مقایسه آن با بافت نرمال با کمک تکنیک پروتیومیک پــرداخته می شود و پروتیوم از نظر آماری به دسته های پروتیینی مجزایی خوشه بندی می گردد.مواد و روش ها: استخراج پروتیــین از نمونه های بافت نرمال و سرطانی گردن رحم صورت گرفت سپس پروتیین ها در مرحله اول(ief) بسته به ph ایزوالکتریک خود روی نوار استریپ تفکیک شدند و مرحله دوم الکتروفورز دوبعدی sds page است که مرحله جداسازی پروتیین ها بر اساس وزن مولکولی می باشد. ژل های هر دو گروه مورد آزمایش، جهت رویت لکه های پروتیینی به روش کوماسی بلو آمیزی شدند. در نهایت پروتیین های دو گروه جهت آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری(آنالیز خوشه بندی و آنالیز مولفه اصلی) با نرم افزار progenesis same spot مورد مطالعه قرار گرفتند.یافته های پژوهش: آنالیز بیوانفورتیکی و آماری با نرم افزار progenesis same spot بر ژل های به دست آمده از تکنیک الکتروفورز دوبعدی 158 نقطه پروتیینی را مشخص کرد که تعدادی از آن ها دارای افزایش بیان و تعدادی دارای کاهش بیان بودند. 19پروتیین در گروه سالم دارای بیان بیشتری نسبت به سرطانی داشتند در حالی که در گروه سرطانی 18 پروتیین دارای بیان بالاتر نسبت به نرمال داشتند. آنالیز خوشه بندی، پروتیین ها را از نظر بیان به 2 خوشه اصلی تقسیم نمود که بیانگر وجود پروتیین هایی با بیان مشابه در هر خوشه است که این پروتیین ها می توانند عملکرد مشابهی را در شرایط آزمایش ارایه نمایند یا بیانگر حضور همه آن ها در مسیر بیولوژیکی مشترک است. آنالیز pca نتایج حاصل از خوشه بندی را تایید نمود و نشان داد که داده های پروتیینی بر طبق شرایط آزمایش خوشه -بندی شده اند. بحث و نتیجه گیری: در نهایت می توان گفت که آنالیزهای آماری چند متغیره ای نظیر کلاسترینگ یا آنالیز همبستگی و آنالیز مولفه اصلی کمک می کند به شناسایی ژن ها و گروه هایی از ژن ها که باعث تبدیل بافت نرمال به یک مرحله بدخیمی می شود. برای شناسایی دسته های پروتیینی دخیل در مکانیسم ملکولی سرطان سرویکس نیاز به مشخص شدن نوع پروتیین ها است که باید توسط دستگاه اسپکتروفوتومتری جرمی تعیین هویت شوند.