پیشگویی بیوانفورماتیکی ژن‌های غیرکدکنندۀ مرتبط با ژن‌های مسیر تمایز اکتودرمی fgf8، nog و bmp4 موشی و ترسیم شبکۀ ارتباطی آن‌ها

مقدمه: lncrnaها و mirnaها دسته‌ای از rnaهای غیرکدکننده هستند که نقش و عملکردهای مهمی در تنظیم بیان ژن‌ها و فرایندهای اصلی بیولوژیکی ازجمله تکثیر سلولی، آپوپتوز و تمایز دارند. lncrnaها می‌توانند به‌طور بالقوه روی mirnaها، در جهت همسو و یا معکوس بر فعالیتشان تاثیر بگذارند تا از این طریق، نقش تنظیم‌کنندگی آن‌ها را تعدیل کنند. در این مطالعه، شبکه‌های ژنی mrna-mirna-lncrna با استفاده از برنامه‌های آنلاین برای سه مارکر مسیر اکتودرمی (bmp4,nog,fgf8) در سلول‌های بنیادی جنینی موشی ترسیم شد. مواد و روش ها: این مطالعه از نوع تئوریکال بیوانفورماتیکی است و micrnaهای هدف ژن‌های bmp4، nog و fgf8 توسط پایگاه‌های داده‌ای mirwalk و targetscan استخراج و بررسی گردید تا درنهایت، بتوان mirnaهای مشترک این 3 ژن را تهیه کرد؛ سپس از پایگاه داده‌ای diana-tools، lncrnaهای هدف برای mirnaهای مشترک به‌دست آمد. یافته‌ها: ژن‌های mmu-mir-92a-2-5p، mmu-mir-129b-5p، mmu-mir-130b-5p، mmu-mir-692، mmu-mir-7009-3p، mmu-mir-7116-3p و mmu-mir-7689-3p ممکن است بر فعالیت lncrna‌های kcnq1ot1، gm26812، gm4117، gm11837.4930423mo2rik، malat1، gm12594، gm3414.5830444b04rik، gm2464 و neat1 اثر بگذارند. بحث و نتیجه‌گیری: با توجه به ارتباط متقابل lncrna، mirna و mrna، مطالعۀ ما یک نقش جدید از lncrnaها را برای تحقیقات آینده و مطالعات تجربی دربارۀ مسیر تمایز اکتودرمی و سازوکار‌های مولکولی فراهم می‌کند.

bioinformatic prediction of non-coding genes related to the mouse fgf8, nog, and bmp4 ectodermal differentiation pathway genes and mapping of related network

introduction: long non-coding rnas (lncrnas) and mirnas belong to a class of non-coding rnas (ncrnas) that play important roles and functions in the regulation of the expression of genes in main biological processes, such as cell proliferation, apoptosis, and differentiation. lncrnas can potentially affect mirnas in the forms of cis/trans to modulate their regulatory role. in this study, mrna, mirna, and lncrna gene networks were predicted by web-based programs for three ectodermal pathway markers (bmp4, nog, fgf8) in the mouse embryonic stem cells.material & methods: in this theoretical bioinformatics study, the mirnas of the target genes (bmp4, nog, and fgf8) were extracted and examined by mirwalk and targetscan databases to finally obtain the common mirnas of these three genes. following that, the target lncrnas for common mirnas were then extracted from the diana-tool database.(ethic code: 100/21560/2/پ) findings: mirs mmu-mir-92a-2-5p, mmu-mir-129b-5p, mmu-mir-130b-5p, mmu-mir-692, mmu-mir-7009-3p, mmu-mir-7116-3p, and mmu-mir-7689-3p may affect the function of lncrnas, including kcnq1ot1, gm26812, gm4117, gm11837, 4930423mo2rik, malat1, gm12594, gm3414, 5830444b04rik, gm2464, and neat1.discussion & conclusion: due to the mutual relationships among lncrna, mirna, and mrna, our results provided a novel perspective on lncrnas for future research and experimental studies on ectodermal differentiation pathways and molecular mechanisms.