بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم (trichophyton rubrum) جداشده از منابع بالینی کراتینیزه با روش rapd_pcr

مقدمه: درماتوفیتوزیس عارضۀ قارچی بافت‌های کراتینیزه پوست، مو و ناخن است که درنتیجۀ استقرار درماتوفیت در نسوج روی می‌‌دهد. اقدام به تایپینگ و افتراق زیرگونه‌‌ها و مطالعۀ ارتباط احتمالی گونه‌های خاص با اشکال بالینی جدایه‌ تریکوفیتون، با استفاده از روش rapd-pcr، با کمک پرایمرهای تصادفی است که ابزار سودمندی برای تیپ‌بندی و تمایز گونه‌های قارچی به‌شمار می‌رود. هدف از این پژوهش، بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم جداشده از منابع کراتینیزه با روش rapd_pcr است.مواد و روش‌ها: در این مطالعه، 60 نمونه درماتوفیتوزیس از بیماران پوستی در سنین 12 تا 45 سال، از بیمارستان خاتم‌الانبیا استان تهران و بیمارستان قدس استان مرکزی جداسازی شدند. نمونه‌ها در محیط سابورو دکستروز آگار یا محیط میکروبیوتیک آگار تلقیح گردیدند. درمجموع، 30 نمونه مثبت (+) به‌دست آمد. برای استخراج dna تریکوفیتون روبروم، از کیت اختصاصی استفاده شد. آزمون pcr با استفاده از پرایمرهای اختصاصی صورت گرفت و از روش rapd_ pcrبرای بررسی ژنومی آن‌ها استفاده گردید. بررسی پلی‌مورفیسم ژنوم، شاخص ژنتیکی ارزشمندی در ارزیابی ساختار ژنوم تریکوفیتون روبروم است.یافته‌های پژوهش: از غربالگری نمونه‌های بالینی آزمایشگاه که بر اساس ویژگی‌های مورفولوژیک، میکروسکوپی و تست‌‌‌‌های بیوشیمیایی تعیین هویت شدند، درمجموع 30 جدایه تریکوفیتون روبروم جدا گردید. این سویه‌‌ها در 9 گروه مجزا دسته‌بندی شد که هرکدام از سویه‌ها صفات فنوتیپی و ژنوتیپی مشترک دارند. در میان کلاسترهای مشخص‌شده، بیشترین فراوانی مربوط به کلاستر 9 است که 12 ایزوله با ویژگی‌های خویشاوندی مشترک را در برمی‌گیرد.بحث و نتیجه‌گیری: بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم جداشده از نمونه‌های درماتوفیتی افراد مبتلا به درماتوفیتوزیس در منطقۀ جغرافیایی تهران، با تکنیک rapd_ pcr ، به‌وسیلۀ پرایمر اختصاصی پرداخته شد که در این مطالعه، بعد مسافت و متغیر گروه سنی تاثیر بسزایی داشتند. تنوع ژنتیکی می‌‌تواند در انتقال و بیماری‌زایی تریکوفیتون روبروم نقش ویژه‌ای داشته باشد.

Genomic Polymorphism of Trichophyton Rubrum Isolated from Keratinized Clinical Sources using the RAPD-PCR Method

Introduction: Dermatophytosis is a fungal complication of keratinized skin, hair, and nail tissues, which is caused by the establishment of dermatophytosis in the tissues. Attempts for tapping and discriminating the subtypes, as well as studying the possible association of specific species with clinical forms of trichophyton isolates using RAPDPCR with random primers is a useful tool for typing and differentiating the fungal species. This study aimed to investigate the genomic polymorphism of Trichophyton rubrum isolated from keratinized sources using the RAPDPCR method. Materials Methods: In this study, 60 dermatophytosis specimens were isolated from dermatophilic patients aged 12 to 45 years referred to KhatamalAnbia Hospital in Tehran province and Qods Hospital in Markazi province, Iran. The samples were inoculated in Sabourodextrose agar or microbial agar medium. A total of 30 positive samples were obtained, and specific kits were used to extract trichophyton rubrum DNA. The PCR was performed using specific primers, and the RAPDPCR method was employed for genomic analysis. Investigation of genomic polymorphism is a valuable genetic marker in the evaluation of genome structure of Trichophyton rubrum. Findings: A total of 30 isolates of Trichophyton rubrum were isolated after screening the clinical specimens that were identified based on morphological, microscopic, and biochemical tests. These strains were divided into nine genomic groups, some of which were found in several groups, indicating the genotypic similarity of the fungi of the same species at different locations. Among the identified clusters, cluster nine obtained the highest frequency, which included 12 isolates with common kinship characteristics. Discussions Conclusions: This study investigated the genomic polymorphism of Trichophyton rubrum isolated from dermatophytes specimens of patients with dermatophytosis in Tehran, Iran, using the RAPDPCR technique with a primer. According to the results, distance and age group had a significant effect. Furthermore, genetic diversity can play a special role in the transmission and pathogenicity of this microorganism.