مروری بر چالش‌های نمونه‌گیری و تشخیص آزمایشگاهی بیماری کووید-19 (covid-19)

پیش‌زمینه و هدف: با توجه به شیوع کرونا ویروس جدید(sars-cov-2) در سراسر جهان، تشخیص افراد آلوده به این ویروس و تعیین تیپ‌های مختلف آن برای مهار شیوع جهانی بیماری کووید-19 (covid-19) بسیار ضروری است. باوجود پیشرفت‌های چشمگیر در زمینه تشخیص این بیماری، نتایج حاصل بحث‌برانگیز است، لذا این مطالعه به بررسی این چالش‌های تشخیصی ازجمله انواع روش‌های تشخیص، نوع و زمان نمونه‌گیری و حتی شرایط بالینی بیماری می‌پردازد.مواد و روش‌ کار: در این بررسی مروری نظام‌مند، مطالعات انجام‌شده از سال 2003 تا می 2020 به زبان انگلیسی در زمینه چالش‌های نمونه‌گیری و تشخیص آزمایشگاهی کرونا ویروس‌ها و ویروس sars-cov-2، موردبررسی قرار گرفتند. این مقالات با جستجوی کلمات کلیدی در پایگاه‌های اطلاعاتی، pubmed، scopus و embace و همچنین موتور جستجوی scholar google حاصل شدند و مطالعاتی که در زمینه تشخیص کرونا ویروس‌های انسانی بود، موردبررسی قرار گرفت و مقالات تکراری از مطالعه حذف گردید.یافته‌ها: در جستجوی اولیه، تعداد 98 مقاله استخراج شد که پس از حذف موارد تکراری و ارزیابی عنوان و چکیده، درنهایت تعداد 64 مقاله شرایط لازم جهت بررسی را دارا و وارد مطالعه گردید.، نتایج مطالعات نشان داد که، اگرچه روش rt-pcr استاندارد طلایی برای تشخیص بیماری کووید-19 می‌باشد، اما برای ارزیابی صحیح نمونه، به غلظت کافی از rna ویروسی در نمونه بیمار نیاز دارد. ازآنجایی‌که غلظت rna ویروسی در نمونه بیمار ثابت نیست، این امر می‌تواند در نتایج به‌دست‌آمده تاثیرگذار باشد. همچنین عواملی مانند نوع نمونه، زمان نمونه‌گیری، کیفیت نمونه ازنظر مواد سلولی و نحوه ارسال و نگهداری نمونه در آزمایشگاه به‌شدت می‌تواند روی غلظت rna تاثیر بگذارد و گاهی منجر به نتایج منفی کاذب گردد. اگرچه بهترین نمونه جهت شناسایی ویروس در روزهای نخستین، سواب نازوفارنکس و در روزهای آتی، نمونه‌های گرفته‌شده از دستگاه تنفس تحتانی می‌باشد ولیکن نمونه‌های متعددی همچون سواب گلو و مدفوع نیز می‌تواند جهت شناسایی استفاده شود ولی درصد جداسازی rna ویروسی در این نمونه‌ها به‌طور قابل‌توجهی کاهش می‌یابد.بحث و نتیجه‌گیری: با توجه به گستردگی جهانی بیماری کووید-19، بیماریابی و تشخیص زودهنگام بیماران و افراد مشکوک، قرنطینه و درمان به‌موقع آنان، در کنترل همه‌گیری از اهمیت بالایی برخوردار می‌باشد. استفاده از تست‌های تشخیصی صحیح به پزشکان این امکان را می‌دهد تا مداخلات فوری را برای بیماران انجام دهند. لذا انتخاب روش آزمایشگاهی و نمونه‌گیری صحیح و انتقال مناسب دارای اهمیت زیادی می‌باشد. اگرچه در تشخیص دقیق بیماری کووید-19 تشخیص مولکولی بهترین روش تشخیصی است ولیکن مطالعات نشان می‌دهد بهتر است به نتایج حاصل از یک آزمایش بسنده نکرده و برای رفع چالش‌های تشخیصی از ترکیب روش‌ها و آزمایشات مختلف استفاده شود. 

challenges of laboratory sampling and diagnosis of sars-cov-2 virus of disease (covid-19)

background & aims: given the prevalence of sars-cov-2 worldwide, it is essential to identify people infected with the virus and determine its different types to control the global outbreak of covid-19. the results of the studies are controversial, so this study examines these diagnostic challenges, including the types of diagnostic methods, the type and time of sampling, and even the clinical condition of the disease.materials & methods: in this systematic review, studies conducted from 2003 to may 2020 in english on the challenges of laboratory sampling and diagnostics of coronaviruses and sars-cov-2 virus were reviewed. these articles were obtained by searching for keywords in databases, pubmed, scopus and embace as well as google scholar search engine and duplicate articles were removed from the study.results: in the initial search, 98 articles were extracted that after eliminating duplicates and evaluating the title and abstract, finally 64 articles had the necessary conditions for review and were included in the study. the results of the studies showed that, although rt-pcr is the gold standard for the diagnosis of covid-19 disease, but it requires a sufficient concentration of viral rna in the patient sample for proper evaluation of the sample. since the concentration of viral rna in the patient sample is not constant, this can affect the results obtained. although the best sample to detect the virus in the first days is the nasopharyngeal swab and in the following days, samples taken from the lower respiratory tract, but also numerous samples such as throat swabs and feces can also be used for identification. however, the percentage of viral rna isolation in these samples is significantly reduced.conclusion: due to the global prevalence of covid-19 disease, early diagnosis of patients, quarantine and timely treatment are of great importance in controlling the epidemic. the use of correct diagnostic tests allows physicians to perform immediate interventions for patients. although molecular diagnosis is the best method, studies show that it is better not to be satisfied with the results of an experiment and to use a combination of different methods and tests to solve diagnostic challenges.