rna-seq ابزاری برای شناسایی ژن های مرتبط با مسیر بیوسنتزی تیمول و کارواکرول در گونه های آویشن

آویشن (thymus) با نام عمومی thyme گیاهی دولپه متعلق به خانواده نعناعیان (lamiaceae)، حاوی ترکیبات متعدد دارویی در اسانس می باشد. خواص ارزشمند اسانس باعث شده آویشن از گیاهان مهم در حوزه صنعت و داروسازی شناخته شود. مونوترپن ها از جمله تیمول وکارواکرول، اجزای اصلی اسانس این گیاه را تشکیل می دهند که دارای خواص ضد باکتریایی، ضد قارچی، ضد تومور و التهاب، آنتی اکسیدان و نگهدارنده طبیعی غذا هستند. این ترکیبات از طریق دو مسیر موالونات (mva) در سیتوزول و شبکه آندوپلاسمی و مسیر کلروپلاستی متیل اریتریول فسفات(mep) در گیاهان بیوسنتز می شوند. تاکنون مطالعات متعددی در خصوص بررسی و تجزیه ی اسانس های گونه های آویشن در ایران و جهان صورت گرفته است، با این حال اطلاعات ژنتیکی اندکی برای این گیاه به خصوص در زمینه ی بیوسنتز ترپنوئیدها در دسترس است. از این رو در این مطالعه، اطلاعات ترنسکریپتومی آویشن با استفاده از تکنیک illiminia hiseq 2000 جمع‌آوری و به کمک آنالیزهای بیوانفورماتیکی از طریق blastx در برابر پایگاه پروتئینی uniprot، کانتیگ‌های مربوط به ژن های بیوسنتز ترپن ها (مسیر mep) شناسایی شدند. بیش از 65 درصد کانتیگ ها حداقل با یک توالی در بانک اطلاعات همولوژی نشان دادند که در این میان طول کامل برخی از ژن های مسیر mep، همچون ژن کلیدی‌ dxr جداکننده‌ی مسیر کلروپلاستی از مسیر موالانات به دست آمد. اطلاعات ترنسکریپتومی بدست آمده در این مطالعه برای گونه های جنس آویشن، منبع مهمی برای مهندسی ژنتیک، بررسی بیان ژن و تحقیقات ژنومیک عملکردی و مقایسه ای را فراهم می آورد.