بررسی و مقایسه وابستگی اتصال مهارکننده ویروس آنفولانزا با ساختارهای کریستالوگرافی و dock شده

امروزه بیماری آنفولانزا در سراسر جهان بسیار شایع است. یکی از عوامل موثر در این ویروس، پروتئین سطحی neuraminidase است که باعث خروج ویروس از سلول هدف و بیمار کردن دیگر سلول ها می شود. لیگاند در تعامل با پروتئین به صورت مهارکننده عمل می کند یعنی، باعث جلوگیری از پیشرفت بیماری و در نهایت درمان بیماری می شود. در این مطالعه ساختار ترکیب پروتئین(neuraminidase) و لیگاند(oseltamivir) از بانک اطاعاتی استخراج شده و برای مشخص کردن تاثیر docking بر بیشینه نیروی لازم که برای جداشدن لیگاند از پروتئین و زمان مورد نیاز برای جدا شدن لیگاند از پروتئین نیاز است، مقایسه ای بین ترکیب dock شده پس از بهینه سازی لیگاند و ترکیب استخراج شده از بانک اطلاعاتی به کمک روش دینامیک مولکولی هدایت شده در دمای 300 درجه کلوین، پس از کمینه کردن انرژی و متعادل سازی انجام شد. در نهایت نتیجه، بیشینه نیروی پایین تر برای ساختار dock شده نسبت به ساختارکریستالوگرافی حاصل شد. وابستگی اتصال کمتر نمونه dock شده نسبت به ساختار کریستالوگرافی مشاهده شد. در انتها، جداشدن زودتر نمونه dock شده نسبت به ساختار کریستالوگرافی اشعه x رویت شد.