استخراج قوانین انجمنی زمانی از گراف های زمانی برهم‌‌کنش پروتئین-پروتئین

از تحلیل داده‌های ریزآرایه، اطلاعات زیستی مفیدی قابل استخراج است. از آن جمله می‌توان به تاثیر بیان یک ژن خاص بر روی بیان ژن‌های دیگر، تعیین ژن‌های بیان شونده در شرایط متفاوت و ایجاد گراف های زمانی برهم‌‌کنش پروتئین-پروتئین اشاره کرد. شبکه‌‌های برهم‌‌کنش پروتئین-پروتئین در دنیای واقعی پویا هستند، یعنی برهم‌‌کنش پروتئین‌‌ها ممکن است در شرایط و زمان‌‌های مختلف فعال یا غیر فعال باشند. در پایگاه داده‌‌های مختلف، این شبکه ها به صورت ایستا و یکپارچه گردآوری شده اند. به منظور تبدیل شبکه‌‌های ایستا به گراف های زمانی از اطلاعات اضافی تر همچون آستانه گذاری پروفایل بیان ژن و بیان همزمان ژن‌ها استفاده می‌‌شود. رفتار بیان ژن ها، چینش زمانی و حضور یا عدم حضور کمپلکس های پروتئینی در شرایط مختلف و به صورت قاعده مند، می‌تواند اطلاعات مفیدی را در فهم کارکرد دینامیکی شبکه‌های برهمکنش پروتئین-پروتئین و کمپلکس های پروتئینی را فراهم کند. برای استخراج قوانین انجمنی زمانی کمپلکس ها، از مجموعه گراف های زمانی استفاده شده است. برای کنترل و مهار حجم محاسبات و کم کردن تعداد اقلام داده از کمپلکس های پروتئینی مرجع با اوزان مختلف استفاده شده است. در این حالت تعداد اقلام از تعداد پروتئین های فعال در هر نقطه به تعداد کمپلکس های پروتئینی آن تراکنش کاهش می‌یابد. قوانین استخراج شده برای تعیین ارتباط زمانی بین کمپلکس های مختلف می باشد. نتایج به دست آمده نشان از وجود ارتباط معنی دار بین عناصر قوانین استخراج شده را نشان می دهد.