بهبود دقت شناسایی پروتئین های اساسی در شبکه های ppi

شناسایی پروتئین های اساسی در شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین نه تنها برای درک فرآیند حیات سلولی مهم است بلکه در تشخیص بیماریها و طراحی داروها بسیار سودمند است. به دلیل گرانی و زمان بالا در روش های آزمایشگاهی از روش های محاسباتی برای شناسایی پروتئین های اساسی بر اساس ساختار شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین استفاده می-شود. روش های محاسباتی در شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین دارای دقت پایینی در کشف پروتئین های اساسی هستند و برخی از پروتئین های اساسی را به اشتباه تشخیص می دهند. روش های محاسباتی که از اندازه های مرکزیت استفاده می کنند دارای محدودیتهایی در مقادیر مرکزیت پایین و کارایی ضعیف در شبکه های ppi ناکامل هستند، این شبکه ها تعداد زیادی برهمکنش مثبت کاذب دارند. ما اندازه مشابهت معنایی بین جفت پروتئین ها را براساس آنتولوژی ژنی در شبکه های برهمکنش پروتئین-پروتئین ورودی محاسبه کردیم و در اندازه گیری اطمینان لبه های شبکه و به دست آوردن یک شبکه وزن دار استفاده کردیم، با گسترش سطح همسایگی های بیشتر بطور مستقیم و غیرمستقیم باعث بهبود دقت اندازه مرکزیت محلی می شویم و با ترکیب بهترین نماینده اندازه مرکزیت محلی و سراسری ساختاری با اندازه های ویژگی های زیستی پروتیئن های اساسی به وسیله روش رگرسیون لجستیک دقت شناسایی پروتئین های اساسی را افزایش دادیم.روش پیشنهادی با روش های محاسباتی کارامد، در معیارهای آماری مختلف، پیاده سازی و مورد ارزیابی قرار گرفته است. نتایج نشان می دهد که روش پیشنهادی، دقت شناسایی پروتئین های اساسی را در مجموعه های داده ای yhq، ymbd و ymips بهبود داده است. ترکیب معیارهای مرکزیت محلی و سراسری شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین با ویژگیهای زیستی پروتئین های اساسی، دقت بیشتری در شناسایی پروتئین اساسی را نتیجه می دهد.