بررسی ایمنی‌زایی توالی منتخب از باکتری فوزوباکتریوم نکروفوروم به منظور توسعه یک dna واکسن علیه اندومتریت گاو

در صنعت دام‌پروری تولید مثل مسئله‌ی حیاتی محسوب می‌شود و بیماری اندومتریت یکی از مهم ترین این بیماری ها است که منجر به کاهش کارایی تولیدمثلیمی‌گردد. با توجه به اهمیت اقتصادی بیماری اندومتریت بالینی در گاوشیری و مضرات اقتصادی زیادی که در اثر این عارضه متوجه صنعت پرورش گاوشیری می شود، هدف از مطالعه‌ی حاضر ارزیابی ایمنی زایی یک پروتئین منتخب از فوزوباکتریوم نکروفوروم برای توسعه ی یک واکسن نوترکیب تحت واحدی بود. پس از بررسی های بیوانفورماتیک و هم‌ترازی، بخش کانزرو توالی (آنتی ژن سطحی ring infected erythrocytes ( fbsa انتخاب شد. این بخش از اسیدآمینه 89 تا 292 پروتئین مورد نظر قرار گرفته است. شاخص‌های مختلف فیزیکی-شیمیایی پروتئین مانند نقطه ایزوالکتریک، وزن مولکولی، نیمه عمر، تعداد دنباله های منفی و مثبت و... با استفاده از ابزار protparam در پایگاه expasy (protparam/tools/org.expasy) محاسبه گردید. نتیجه رونویسی از توالی منتخب با نرم افزار expasy در فریم 2 توالی اسیدهای آمینه مورد نظر را نشان داد. این امر مشخص می کند که بیان کانستراکت، مطابق توالی مورد درخواست خواهد بود و هیچ عدم تطابقی مشاهده نشد حلالیت پروتئین به وسیله prediction solubility protein recombinant (http//:www.biotech.ou.edu) ارزیابی شد. یک پادگن برای اینکه کاندیدای خوب واکسن باشد باید هیدروفیل بوده و بتواند هر دو پاسخ ایمنی با واسطه یاخته-های b و t را برانگیزد. پیشگویی ایمنی‌زایی هومورال قطعه‌ی منتخب از پروتئین مورد نظر با استفاده از سایت http://sysbio.unl.edu/svmtrip/prediction.php انجام شد. بر اساس نتایج به دست آمده این پروتئین دارای 12 اپی‌توپ خطی درون خود است و می‌تواند حداقل انگیزه‌ی تولید 12 آنتی‌بادی باشد. لذا تحریک ایمنی هومورال مناسب خواهد بود. پیشگویی ایمنی‌زایی سلولی قطعه‌ی منتخب بر اساس امکان عرضه توسط mhc i و mhc ii در گاو با استفاده از آلل-های گاوی مناسب و آلل های انسانی دارای بیشترین شباهت با آلل های گاو و همین طور پیشگویی اپی‌توپ‌های مورد شناسایی لنفوسیت‌های b با استفاده از نرم‌افزار iedb analysis (http://tools.iedb.org/main/) انجام گردید. ارزیابی ایمنی‌زایی برای لنفوسیت های b نشان داد حداقل 50 اپی توپ قابل شناسایی توسط این سلول ها وجود دارد. پیشگویی ایمنی‌زایی سلولی قطعه‌ی منتخب از پروتئین fbsa بر اساس آستانه اتصال به mhc i تحت کلاس bola- d 18.4 نشان داد در 69 جایگاه 9 واحد اسیدآمینه امکان اتصال آنتی‌ژن در توالی‌های مشخص به مولکول mhc i گاو در تحت کلاس bola- d 18.4 وجود دارد. پیشگویی ایمنی‌زایی سلولی قطعه‌ی منتخب از پروتئین مورد نظر بر اساس آستانه اتصال به mhc ii تحت کلاس hla-drb1*11:89، hla-drb1*14:82، hla-drb1*14:14 و hla-drb1*14:51 نشان داد 43 پپتید با آستانه‌ی مناسب برای اتصال و عرضه توسط مولکول‌های mhc ii آلل های معادل گاوی پیشگویی می‌شود. در مجموع ایمنی زایی قطعه ی مورد نظر مناسب تشخیص داده شد