بررسی بیوانفورماتیک برهمکنش پپتید vgb3 با گیرنده‌های vegfr1، nrp1و vegfr2

زمینه و هدف : رگ‌زایی (آنژیوژنز) به عمل تشکیل عروق جدید در بافت های بدن اشاره دارد. با تشکیل عروق جدید، تومورها می‌توانند به مواد غذایی و اکسیژن کافی دسترسی پیدا کنند و به رشد و گسترش خود ادامه دهند. تومورهای سرطانی به دلیل فشار بالای درون تومور، عروق شبکه‌ای آنها ضعیف هستند و معمولاً در صورتی که تغذیه کافی نداشته باشند از بین می‌روند، بنابراین آنژیوژنز جزء اهداف درمانی در بسیاری از روش‌های درمانی سرطان قرار می‌گیرد. این مطالعه قصد دارد با هدف بررسی بیوانفورماتیکی اثر پپتید vgb3 در مهار nrp1 و vegfr1 و vegfr2 برای جلوگیری از فرآیند رگ‌زایی گامی بردارد. روش‌ها: در این مطالعه به ترتیب برای بهینه سازی انرژی پروتئین، بررسی نحوه اتصال ترکیبات به جایگاه فعال آنزیم، شناسایی برهمکنش‌های آبگریز، تهیه فایل سه بعدی پپتید، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل‌های نهایی از نرم افزارهای chimera، discovery، ligplot، سرور آنلاین pepfold و h dock و pdb sum generate استفاده شد. یافته ها: vgb3 در اتصال به nrp1 سطح انرژی اتصال (kcal.mol-1)-151.66 و در اتصال به vegfr1 سطح انرژی اتصال -122.15(kcal.mol-1) و در اتصال به vegfr2سطح انرژی اتصال -122.15(kcal.mol-1) بود. نتیجه گیری: با توجه به اثربخشی پپتید در مطالعه بیوانفورماتیکی، برای بررسی‌های تکمیلی می‌‌توان اثر این ترکیبات را در شرایط invivo و invitro مورد آزمایش قرار داد.