داکینگ 2 (ef2)elongation factor با زنجیر a از سم دیفتری به منظور طراحی موتانت های غیر سمی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی

دراین تحقیق برهمکنش توکسین دیفتری با سابستریت آن (ef2) elongation factor2 در ph فیزیولوژیک و دمای oc37 ، با استفاده از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی، مورد مطالعه و بررسی قرار گرفت. خروجی داده های حاصل با استفاده ازنرم افزار گرومکس (rmsf) مورد بررسی و آنالیز قرار گرفت و آمینواسید های سایت پیوندی شناسایی شدند. سپس با استفاده از نرم افزار (mmpb-sa) انرژی های آزاد برای هر یک از کمپلکس های موتانت های طراحی شده محاسبه شد. از نتایج این مطالعه می توان در بیان ساختار پروتئین های غیر سمی دیفتری مبتنی بر جهش ها ی هدفمند بهره برد.

ِdocking of elongation factor 2 and chain a of diphtheria toxin for designing non toxic mutants using molecular dynamics simulations

in this research, the interaction of diphtheria toxin with its substrate elongation factor 2 (ef2) at physiological ph and 37ºc was studied and investigated using molecular dynamics simulation method. the output of the resulting data was checked and analyzed using gromacs software (rmsf) and the amino acids of the binding site were identified. then, using the software (mmpb-sa), free energies were calculated for each of the designed mutant complexes. the results of this study can be used to express the structure of non-toxic diphtheria proteins based on targeted mutations.