پیش بینی لیگاند های دارای برهمکنش با cpxa به منظور کاهش مقاومت دارویی

سیستم تنظیمی دو جزئی cpxar از باکتری ها در برابر استرس محافظت می کند. در پاسخ به استرس غشایی، cpxa با فسفریله کردن cpxr بیان ژن‌های دخیل در ترمیم غشا را افزایش و بیان ژن‌های کدکننده عوامل بیماری‌زا را کاهش می‌دهد. علاوه بر این، سیستم cpx در مقاومت چند دارویی (mdr) پاتوژن های مختلف انسانی نقش دارد. بنابراین، هدف گیری دارویی سیستم cpxar با مهار یا کاهش فعالیت کینازی/فسفاتازی cpxa می تواند به عنوان یک استراتژی ضد میکروبی عمل کند. ابزار تحت وب lpicom برای تجزیه و تحلیل میل اتصال دامنه پری پلاسمی پروتئین cpxa اشرشیاکلی و 10 لیگاند مورد نظر استفاده شد. مطالعات بیوانفورماتیک آنالیز همسانی در سطح توالی اسید آمینه و ساختار سه بعدی پروتئین cpxa با پروتئین های انسانی برای تعیین اثرات احتمالی لیگاندها در بدن انسان انجام شد. پایگاه داده enrichr برای آنالیز غنی سازی استفاده شد. با توجه به نتایج آنالیز برهمکنش لیگاند-پروتئین، myricetin بیشترین میل ترکیبی را نشان داد و کاندیدای مناسبی برای بررسی داکینگ است. مطالعات همسانی شباهت کم با 5 پروتئین انسانی (meiob، glyctk، crat، rad52 و papss1) را نشان داد. نتایج آنالیز غنی‌سازی این پروتئین‌های انسانی با مسیرهای فرآیند متابولیک سلولی و ترمیم dna مرتبط است. شباهت کم پروتئین cpxa با پروتئین های انسانی، پروتئین cpxa را به یک هدف دارویی امیدوارکننده تبدیل می کند. شناسایی لیگاندهایی که باعث مهار یا کاهش فعالیت کینازی/فسفاتازی جزء cpxa این سیستم می شوند، می تواند در شناسایی ترکیبات طبیعی با خواص آنتی بیوتیکی جهت کاهش شدت بیماری زایی و مقاومت دارویی موثر باشد.

prediction of ligands interacting with cpxa to reduce drug resistance

the cpxar two-component regulatory system protects cells against stresses. in response to membrane stress, cpxa by phosphorylating cpxr up-regulates the expression of genes involved in membrane repair and down-regulates genes encoding pathogenic factors. in addition, the cpx system is involved in the multidrug resistance (mdr) of various human pathogens. therefore, pharmacological targeting of the cpxar system by inhibiting/decreasing the phosphorelay activity of cpxa can act as an antimicrobial strategy. ligand-protein interaction comparison and analysis web server (lpicom) was utilized to analyze the protein binding affinity of the periplasmic domain of escherichia coli cpxa and the 10 desired ligands. bioinformatics studies were performed based on homology analysis at the level of amino acid sequence and three-dimensional structure of the cpxa protein for homology with human proteins to determine possible effects of ligands in the human body. enrichr was employed for enrichment analysis. according to the results of ligand-protein interaction analysis, myricetin showed the most binding affinity and is a suitable candidate for docking investigation. homology studies showed low similarity with 5 human proteins (meiob, glyctk, crat, rad52 and papss1). the enrichment analysis results of these human proteins are related to the dna repair and cellular metabolic process pathways. the low similarity of cpxa protein with human proteins makes the cpxa protein a promising drug target. identifying ligands that inhibit/decrease the phosphorelay activity of the cpxa component of this system can be effective in identifying natural compounds with antibiotic properties and reducing the severity of pathogenicity and drug resistance.