تکنیک ichip به عنوان روش جدید غربالگری برای جداسازی اکتنیوباکترهای تولیدکننده ترکیبات ضد باکتریایی

با افزایش باکتری‌های مقاوم به دلیل استفاده گسترده از آنتی‌بیوتیک‌ها، یافتن منبع جدید تولید کننده ترکیبات ضد میکروبی برای کنترل بیماری‌های عفونی بسیار مهم است. اکتینوباکتر‌ها منبع مهم متابولیت‌های ثانویه به ویژه ترکیبات فعال ضد میکروبی مختلف هستند. بنابراین یافتن روش‌های نوین برای غربالگری میکروارگانیسم‌های بومی با توانایی تولید ترکیبات جدید ضد میکروبی، از اهمیت به سزایی برخوردار است. تکنیک غربالگری ichip به عنوان روش نوین، به طرز چشمگیری راه را برای کشف میکروارگانیسم‌های محیطی جدید که به روش مرسوم قابل کشت نیستند، فراهم می‌آورد. این ابزار شامل یک صفحه پلاستیکی حاوی صدها حفره می‌باشد که هر حفره در حکم یک اتاقک انتشار است. هر میکروارگانیسم در یکی از این حفرات به دام می‌افتد. پس از نصب فیلتر غشایی در دو طرف صفحه پلاستیکی، ichip در محیط مایع رقیق شده خاک غوطه‌ور می‌شود. نمونه‌های رقیق شده خاک در ichip بارگزاری شد و به مدت دو هفته در محیط طبیعی خاک قرار گرفت. میکروکلنی‌های رشد کرده در حفرات ichip به محیط کشت اختصاصی sca و sms منتقل شدند. برای جداسازی اکتینوباکترهای فعال، غربالگری اولیه جدایه‌ها به روش کشت متقاطع انجام شد. پس از استخراج عصاره خام از محیط رشد جدایه‌های فعال، فعالیت ضد باکتریایی آنها به روش انتشار از دیسک بررسی شد. از بین 87 اکتینوباکتر‌ جدا شده، تعداد چهار جدایه با بیشترین فعالیت ضد باکتریایی علیه برخی باکتری‌های بیماری‌زا گرم مثبت و گرم منفی انتخاب شدند. نتایج نشان داد تمام جدایه‌ها متعلق به جنس استرپتومایسس و دارای فعالیت ضد باکتریایی علیه استافیلوکوکوس اورئوس، باسیلوس سوبتیلیس، اشریشیا کلی، سودوموناس آئروژینوزا، انتروباکتر آئروژنز و شیگلا سونه ای بودند. همچنین نتایج این مطالعه نشان داد که غربالگری نمونه‌های طبیعی به روش ichip، می‌تواند به طور باالقوه در یافتن گونه‌های جدید میکروبی و اهلی‌سازی آنها مفید باشد.

ichip technique as a novel screening method for the isolation of antibacterial compound producing actinobacteria

with the increase of resistant bacteria due to the widespread use of antibiotics, it is very important to find a new source of antimicrobial compound production to control infectious diseases. actinobacteria are an important source of secondary metabolites and various antimicrobial active compounds in particular. therefore, finding new methods for screening native microorganisms with the ability to produce new antimicrobial compounds is very important. to this end, the ichip technique dramatically paves the way to discover new environmental microorganisms that cannot be cultivated using conventional methods. the novel ichip tool consists of a plastic plate containing hundreds of holes, each of which is a diffusion chamber where each microorganism is trapped. after attaching the membrane filter on both sides of the plastic plate, the ichip was immersed in the diluted soil liquid environment. the diluted soil samples were loaded into the ichip and placed in the natural soil environment for two weeks. microcolonies grown in ichip wells were transferred to sca and sms culture media. to isolate active actinobacteria, primary screening was performed using the cross-streak method. after extracting the crude extract from the growth medium of the active isolates, their antibacterial activity was investigated using the disc diffusion method. out of 87 isolated actinobacteria, four isolates with the highest antibacterial activity against some gram-positive and gram-negative pathogenic bacteria were selected. the results demonstrated that all isolates belonged to the genus streptomyces and had antibacterial activity against staphylococcus aureus, bacillus subtilis, escherichia coli, pseudomonas aeruginosa, enterobacter aerogenes, and shigella sonnei. moreover, the results revealed that the screening of natural samples using the ichip method can potentially be useful in finding new microbial species and domesticating them.